منطقه نخجوان، که امروزه بخشی از جمهوری آذربایجان را تشکیل می دهد، در منتهی الیه جنوبی منطقه قفقاز و در ساحل شمالی رود ارس، قرار گرفته و با ۵٬۳۶۳ کیلومتر مربع وسعت به طول۱۷۰و عرض۷۰ الی ۷۵ کیلومتر در جهت شمال غربی ـ جنوب شرقی امتداد رود ارس کشیده شده و از شمال و شرق، به طول مرزی۲۲۴ کیلومتر، با جمهوری ارمنستان، از جنوب و غرب، به طول مرزی۱۶۳ کیلومتر، با جمهوری اسلامی ایران و از سمت غرب، به طول مرزی دوازده کیلومتر، با جمهوری ترکیه مرز مشترک دارد.

مرتفــع تریــن منــاطق نخجوان، که۳٬۵۰۰ متر از سطح دریا ارتفاع دارد، در قسمت های شرقی و شمالی آن و هم  مرز با جمهوری ارمنستان واقع شده. بلندی این ارتفاعات به سمت جنوب غربی و غرب کاهش می یابد و در نهایت، به دشت های سرسبز همجوار دشت آرارات و رود ارس با ارتفاعی حدود ۷۵۰ متر از سطح دریا منتهی می شود. مرکز این منطقه خودمختارِ تحت نظارت جمهوری آذربایجان شهر نخجوان است که هشت شهر، هشت شهرستان و حدود ۲۰۳ روستا دارد و کل جمعیت آن مطابق آمار ۲۰۰۴م بالغ بر۳۷۲٬۹۰۰ نفر است که عمدتاً آذری اند.

بنا به نظر یوسف پلاویوس، مورخ قرن یکم پیش از میلاد و نیز مورخان ارمنی سده پنجم میلادی، از جمله موسی خورنی، اقامتگاه اولیه حضرت نوح، پس از پایین آمدن از کوه آرارات، در محل فعلی نخجوان بوده. به همین دلیل هم ارمنیان آن را ناخ ایجوان(۱)به معنی اولین منزلگاه نامیده اند.

مطالعات صورت گرفته بر روی قدیمی ترین آثار به دست آمده از ساکنان این منطقه شامل استخوان های انسانی، ابزارهای مختلف متعلق به دوران پارینه سنگی و همچنین، نقاشی های دیواری مربوط به هزاره سوم پیش از میلاد بیانگر آن است که تمدن این منطقه دنباله تمدن مناطق حوزه دریاچه سوان در شمال بوده و ساکنان آن با تمدن آلوردی ها، از اقوام هند و اروپایی ساکن در دشت آرارات، نیز ارتباط داشته اند. بررسی های باستان شناختی در مناطق شور تپه و کئول تپه نشان می دهد که خانه های این دو منطقه شبیه به خانه های بنا شده در هزاره سوم پیش از میلاد در منطقه شنگاویت(۲) ایروان است.

در دوران حکومت پادشاهان بیاینا یا اورارتو،(۳) دشت آرارات و مناطق همجوار آن، همچون دشت های منطقه نخجوان، به علت دور بودن از رقیب اصلی آنان؛ یعنی، دولت آشور اهمیتی خاص داشت. لذا آرگیشتی  اول، در اواخر قرن هشتم پیش از میلاد، بر تمامی دشت آرارات و مناطق جنوبی آن، شامل منطقه فعلی نخجوان، تسلط یافت و به منظور نظارت بر تمامی این منطقه مرکز حکومتی خود را در منتها الیه دشت آرارات؛ یعنی، شهر فعلی ایروان، به نام اربونی(۴) بنا نهاد و سپس در زمان روسای دوم، تیشبانی(۵)را تأسیس کرد. با سقوط حکومت اورارتو و تسلط مادها بر ارمنستان، نظارت بر کل این منطقه به خاندان یرواندونی،(۶) که مرکز حکومت آنان در شهر فعلی وان قرار داشت، محول شد.

در دوران پادشاهی هخامنشیان، کوروش، پادشاه هخامنشی، برای اداره مناطق مختلف حاکمان محلی را در سمت خود باقی گذاشت تا اینکه در اوایل حکومت داریوش اول هخامنشی، ارمنیان اعلام استقلال کردند. داریوش طی چندین مرحله نبرد، که جزئیات آن در سنگ نوشته بیستون آمده، فلات ارمنستان را تحت کنترل درآورد و آن را به دو ساتراپ تقسیم کرد. مرکز ساتراپ شرقی شهر اربونی تعین شد. منطقه نخجوان، که در ساتراپ شرقی قرار داشت، تا پایان دوره هخامنشی به دست خاندان یرواندونی، که حاکم ساتراپ های این منطقه بودند، اداره می شد.

پس از شکست داریوش سوم از اسکندر مقدونی، در جنگ گوگمل،(۷)در۳۳۱ ق م، فرمانده ارتش ارمنستان، در لشکریان داریوش، به نام یرواند سوم از خاندان یرواندونی همراه سپاهیانش به سمت موطن خود عقب نشینی و در ارمنستان اعلام استقلال کرد. جانشینان یرواند سوم نیز توانستند تا اواخر قرن دوم پیش از میلاد استقلال ارمنستان را حفظ کنند. از این زمان به بعد، ارمنستان مدتی کوتاه به اشغال سلوکیان درآمد اما در۱۹۰ق م، خاندان آرداشسیان، که جایگزین خاندان یرواندونی در اداره ارمنستان شده بودند، از فرصتی که در جنگ ماگنسیا بین سلوکیان و رومیان به دست آمد استفاده و مجدداً استقلال ارمنستان را اعلام کردند.

استقلال ارمنستان تحت حکومت خاندان آرداشسیان تا اواخر قرن اول پیش از میلاد ادامه یافت. در تمامی این دوران ها، نخجوان فعلی از مناطقی کوچک با نام هایی مختلف همچون یرنجاک، گوخت، شارور، جاهوک، شاهابونک و نخجوان تشکیل می شد که بخش هایی از استان  واسپوراکان(۸) و سیونیک(۹)ارمنستان را تشکیل می دادند. در دوران حکومت آرداشسیان ها، تیگران دوم(۱۰)طی لشکرکشی هایی به جنوب بین النهرین و فلسطین عده ای از یهودیان این نواحی را به مناطق جنوبی فلات ارمنستان کوچاند و شماری از آنان را در شهر نخجوان سکونت داد.

با روی کار آمدن شاخه ارمنی اشکانیان (آرشاکونیاس) در ارمنستان، در اوایل نیمه دوم قرن اول میلادی، شهر نخجوان به علت قرار گرفتن در مسیر راه تجاری منشعب از جاده ابریشم اهمیتی خاص یافت و زمین داران بزرگ (ناخارارها) حاکم بر این منطقه مقامی بالا در دربار ارمنستان به دست آوردند. لذا، تمامی بخش هایی که اکنون منطقه نخجوان را تشکیل می دهند تا زمان سقوط اشکانیان ارمنستان به دست ساسانیان و رومیان، در پایان قرن پنجم میلادی، تحت حکومت خاندان ماردبدونی،(۱۱) که مسئولیت کلیه امور دربار را نیز بر عهده داشتند و مشاوران پادشاهان ارمنستان محسوب می شدند، اداره می شد. پس از آن نیز، این منطقه در دست خاندان آرزرونی(۱۲) و مناطق کوهستانی آن نیز تحت نظارت خاندان سیونی قرار گرفت.

در زمان جنگ های ارمنستان با حکومت ساسانیان، در نیمه دوم قرن چهارم میلادی، شاهپور اول ساسانی اقدام به کوچاندن تعداد زیادی از ارمنیان و یهودیان این منطقه به داخل خاک ایران کرد. بنابر روایت پاوستوس بیوزاند، مورخ ارمنی، تنها از شهر نخجوان و مناطق همجوار آن ۱۶٬۰۰۰ خانواده یهودی و ۲٬۰۰۰ خانواده ارمنی کوچانده شدند.

پس از آنکه اعراب ایران را به تصرف درآوردند، در نیمه اول قرن هفتم میلادی حملات خود را به سمت ارمنستان آغاز کردند اما با مقاومت شدید ارمنیان رو به رو و مجبور به عقب نشینی شدند و برای مدتی به اجبار خودمختاری ارمنستان را به رسمیت شناختند اما در نیمه دوم قرن هفتم میلادی سپاهیان آنان از منطقه بین  النهرین و حوزه رود ارس به داخل فلات ارمنستان هجوم آوردند و موفق شدند مناطق جنوبی ارمنستان را تحت اشغال درآورند. در این زمان، شهر نخجوان، که به دست نیروهای خلیفه اشغال شده بود، اهمیتی خاص یافت زیرا آنان پادگان نظامی خود را به منظور نفوذ به داخل فلات ارمنستان، که اهالی آن کماکان در مقابل اعراب مقاومت می کردند، در این شهر مستقر ساخته بودند.

پس از تسلط اعراب بر ارمنستان، ارمنیان چندین بار برای کسب استقلال علیه خلفای عرب شوریدند؛ نخستین بار، در۷۰۳م و بار دوم، در۷۷۵م که هر دو شورش با شکست مواجه و قیام آنان به شدت سرکوب شد اما طولانی ترین شورش ارمنیان علیه سلطه اعراب در۷۶۲م رخ داد که دامنه های آن از منطقه فعلی نخجوان تا سواحل دریاچه وان کشیده شد و تا ۷۷۵م ادامه یافت.

پس از سرکوب شورش، که تلفاتی سنگین برای هر دو طرف به بار آورد، خلیفه عباسی، به منظور تسلط بر ارمنستان، شماری از اقوام جنوب منطقه بین النهرین را به داخل خاک ارمنستان کوچاند و آنان را در مناطق سوق الجیشی ارمنستان سکونت داد. بخشی از این اقوام درمنطقه فعلی نخجوان ساکن شدند و با حمایت های حکومت مرکزی توانستند کاملاً بر مناطقی که در آن ساکن شده بودند تسلط یابند و با زمین داران ارمنی (ناخارارها) به رقابت بپردازند. از جمله مناطقی که در آنها حکومت های محلی عرب، که در تاریخ ارمنستان به امیرنشین معروف اند، تشکیل شد شهرهای نخجوان و دوین(۱۳)بود. این امیرنشین ها مناطقی از ارمنستان را در امتداد شمال رود ارس، از حدود شهر آرارات فعلی در جمهوری ارمنستان تا شهر جلفا در نخجوان، تحت حکومت خود درآوردند و تا حمله سلجوقیان به ارمنستان سلطه خود را بر این مناطق حفظ کردند.

سـکونـت ایـن اقـوام عـرب در منـاطق مختـلف ارمـنستان، کـه ارمنیان آنها را به نام اقوام اوتمانیک، کایسیک و غیره می نامیدند، به پایگاهی مناسب برای اقوام مهاجر آسیای میانه، که از اواخر قرن یازدهم تا قرن پانزده میلادی به منطقه قفقاز مهاجرت کردند، مبدل شد. اقوام تازه وارد با سکونت در مناطق مختلف ارمنستان کم کم جایگزین اعراب شدند و سپس، با گسترش مرزهای خود در سده های بعدی دست به تشکیل حکومت های بزرگ و کوچک ترک زبان همچون شادادیان ها، شاه آرمن ها و غیره در فلات ارمنستان زدند.

با استقلال ارمنستان، در اواخر قرن نهم میلادی و روی کار آمدن خاندان باگرادونی(۱۴) امرای شهرهای نخجوان و دوین گه گاه از حکومت مرکزی اطاعت می کردند اما به علت اهمیت بازرگانی منطقه همواره بین خاندان های آرزرونی، سیونی و دولت مرکزی و همچنین امرای حکومت های محلی جنوب رود ارس جنگ هایی در می گرفت که بیش از همه حاکمان شهرهای دوین و نخجوان از آنها بهره می جستند. آنان توانستند با استفاده از این درگیری ها تا سقوط حکومت باگرادونی، به دست امپراتوری بیزانس، در ۱۰۴۵م، به حیات خود ادامه دهند.

در این دوره از تاریخ نیز، همچون دوره های قبل، ناحیه فعلی نخجوان شامل مناطقی کوچک تر بود. مناطق کوهستانی و کوهپایه های شرق و شمال و همچنین مناطق شرقی آن (گوخت) تحت تسلط زمین داران سیونی قرار داشت و به غیر از شهر نخجوان، که دست به دست می شد و گاهی هم استقلال خود را به دست می آورد، مناطق غربی آن نیز تحت سلطه زمین داران آرزرونی یا امرای دوین قرار داشت.

با سقوط حکومت مرکزی و ضعف خاندان های سیونی و آرزرونی امرای دوین قدرت یافتند و موفق شدند با کمک هم پیمانان خود، در مناطق جنوبی رود ارس، بر شهر نخجوان و اطراف آن تسلط یابند و حکومت مستقل دابیل (دوین) را تشکیل دهند. حاکمان دابیل دائماً با امپراتوری بیزانس، که بر بخش وسیعی از ارمنستان تسلط یافته بود، در جنگ بودند اما با این حال توانستند تا حمله سلجوقیان به ارمنستان به حیات خود ادامه دهند.

سلجوقیان با هجوم به ارمنستان و شکست تمامی حکومت های بزرگ و کوچک محلی و همچنین، شکست امپراتوری بیزانس، در ۱۰۷۱م، در جنگ ملازگرد، توانستند بر کل منطقه تسلط یابند. در پشت سر لشکریان سلجوقی، اقوام ساکن در آسیای میانه در حوزه رود ارس، از دشت مغان تا منطقه نخجوان، مستقر شدند.

در زمان سلجوقیان سراسر دشت آرارات، بخش بزرگی از منطقه فعلی نخجوان و همچنین شهر نخجوان به دست هم پیمانان محلی سلجوقیان؛ یعنی، خاندان شادادیان، که اصلیت کُرد داشتند، با مرکزیت شهر آنی اداره می شد تا اینکه در اوایل قرن دوازدهم میلادی نیروهای مشترک ارمنی و گرجی موفق شدند سلجوقیان و هم پیمانان آنان را از منطقه قفقاز تا کناره رود ارس بیرون برانند. به این ترتیب، مناطق وسیعی از ارمنستان تحت تسلط دو سردار ارمنی ملکه گرجستان، تامارا، به نام های ایوان و زاکاره زاکاریان در آمد.

این دوره از نظر شکوفایی اقتصادی منطقه نخجوان حائز اهمیت است زیرا مسیر غربی جاده ابریشم، به دلیل امنیت منطقه، از حوزه رود ارس می گذشت و این امر باعث رونق روز افزون شهرهای ساحلی این رود همچون نخجوان، جلفا، آگولیس، مغری، اردوباد و غیره و بنای ساختمان ها، کلیساها و دیرهای بسیاری در منطقه شده بود. در این دوره بازرگانان ارمنی این ناحیه، که به نام بارون معروف بودند، توانستند تجارت کل منطقه را در دست گیرند.

در نیمه نخست قرن سیزدهم میلادی، لشکریان مغول به ارمنستان هجوم آوردند و کل این ناحیه را مورد تهاجم قرار دادند و دست به کشتار ساکنان آنان و غارت اموالشان زدند. در پی این تهاجمات، سیل مهاجرت ارمنیان به خصوص سکنه دشت آرارات به سمت شمال قفقاز و شبه جزیره کریمه آغاز شد. ارمنیان نخجوان نیز ابتدا در شبه جزیره کریمه سکونت گزیدند و سپس، به داخل خاک روسیه، به سمت سواحل رود دُن، مهاجرت کردند و درکنار قلعه دیمیتری روستوف ساکن شدند و شهر جدیدی به نام نخجوان نو(۱۵)بنا کردند که تا به امروز پا برجاست و در حال حاضر، در استان روستوف(۱۶)روسیه واقع شده.

با روی کار آمدن ایلخانیان و آرام شدن اوضاع و اهمیتی که آنان به امر بازرگانی می دادند مجدداً تجارت در حوزه رود ارس رونق گرفت و شهرهایی چون نخجوان و جلفا اهمیتی خاص یافتند.

در زمان حکومت ارغون شاه، به درخواست پاپ، به مبلغان مذهبی دومینیکن و فرانسیس اجازه تبلیغ مذهب کاتولیک در بین ارمنیان داده شد. آنان ابتدا به مراغه آمدند و سپس، مرکز فعالیت خود را در منطقه یرنجاک (در شاهبوز فعلی) متمرکز ساختند. هر چند حضور فعال مبلغان مذهبی کاتولیک در این منطقه باعث کشمکش های مذهبی بسیاری با کلیسای ارمنی شد یکی از نتایج مثبت آن فعال شدن مراکز علمی در تمامی دیرهای منطقه نخجوان، جنوب رود ارس و شمال منطقه نخجوان بود. ثمره این فعالیت های علمی بیش از۱۴۰ کتاب دست نویس با نقاشی های منحصر به فرد مربوط به سده های چهاردهم تا هجدهم میلادی از منطقه نخجوان است که در مرکز نگه داری کتاب های دست نویـس ایـروان (ماتنــاداران) نگه داری می شوند.

با هجوم سپاهیان تیمور لنگ به منطقه قفقاز، در نیمه دوم قرن چهاردهم میلادی، کل منطقه دستخوش کشتار و غارت شد. به دنبال لشکریان تیمور نیز اقوام جدیدی از آسیای میانه به جنوب قفقاز مهاجرت کردند و در کل این ناحیه، از جمله منطقه نخجوان، سکونت گزیدند.

در ۱۳۱۹م زلزله سهمگینی دشت آرارات و اطراف آن را به لرزه درآورد. از خسارات وارد آمده به مناطق مسکونی نخجوان در این زمین لرزه اطلاعی در دست نداریم اما تخریب شهر ایروان در شمال این شهر و با خاک یکسان شدن قره کلیسا در جنوب آن گویای میزان خسارات وارد آمده بر این منطقه است.

پس از مرگ تیمور اقوام ساکن در فلات ارمنستان حکومت های قره قویونلو و آق قویونلو را تشکیل دادند و منطقه نخجوان نیز تحت تسلط آنان در آمد. در تقسیمات جغرافیایی جدیدی که به دست جهان شاه قره قویونلو در فلات ارمنستان صورت گرفت دشت آرارات و مناطق همجوار آن تشکیل یک استان به نام چخورسعد را داد که مرکز آن شهر ایروان بود و شهر نخجوان نیز در این استان قرار گرفت.

قره قویونلوها و آق قویونلوها در اوایل قرن شانزدهم میلادی با روی کار آمدن دو قدرت جدید؛ یعنی، عثمانی ها و صفویان از صفحه روزگار محو شدند و ارمنستان به مدت بیش از ۲۲۰ سال به صحنه درگیری های این دو قدرت جدید تبدیل و منطقه نخجوان بارها در میان این دو حکومت دست به دست شد که در این نوشتار تنها به شرح برخی از آنان می پردازیم.

در نیمه نخست قرن شانزدهم میلادی، به فرمان شاه طهماسب اول صفوی و طی تقسیمات جدید خانات ایروان به وجود آمد و شهر نخجوان و مناطق اطراف آن نیز جزو این خانات قرار گرفت.

در ۱۵۵۴م ارتش عثمانی به سمت شمال ایران لشکر کشید. در این لشکرکشی مورخ ترک، ابراهیم پچوین، نیز حضور داشت. او در خاطرات خود از رشادت های قوای عثمانی که چگونه شهر نخجوان و اطراف آن را از هر جنبده ای پاک کردند به طوری که به مسافت پنج روز از شهر هیچ موجود زنده ای دیده نمی شده، داستان ها آورده است.ارمنیان منطقه فعلی نخجوان، که توانسته بودند از این کشتارها جان سالم به در برند، به سمت شمال قفقاز مهاجرت کردند و در اطراف شهر نخجوان نو، سکونت گزیدند و پنج روستای ارمنی نشین را به  وجود آوردند که تا به امروز باقی است.

در دوره صفویه، تجارت منطقه نخجوان مجدداً رونق گرفت و کاروان های بازرگانان ارمنی از آسیای میانه تا شهر ونیز در ایتالیا در رفت و آمد بودند. هم زمان با بهبود وضعیت اقتصادی منطقه از اوایل قرن هفدهم میلادی رونق مراکز علمی نیز آغاز شد و مراکزی که به حالت نیمه تعطیل درآمده بودند در کنار دیرهای مختلف شروع به کار کردند. بزرگ ترین این مراکز مدرسه دیر تومای مقدس(۱۷)در شهر آگولیس بود که ۲۵۰ شاگرد داشت.

در ۱۶۰۴م، حین جنگ های ایران و عثمانی، به دستور شاه عباس اول ارمنیان حوزه رود ارس، به خصوص، منطقه نخجوان فعلی و دشت آرارات، که بالغ بر سیصد هزار تن بودند، به جنوب رود ارس و سپس، به داخل خاک ایران کوچ داده شدند. محـله جلفـای شـهر اصفهان را ارمنیان شهر جلفا در کنار رود ارس به یاد موطن اصلی خود بنا کردند که تا به امروز نیز به همین نام معروف است. آنتونیو دی گوان، یکی از اعضای هیئت سیاسی اسپانیایی، که مدتی در شهر اردوباد اقامت داشته، در خاطرات خود، از وجود هفت الی هشت هزار سکنه شهر، که جملگی ارمنی بوده اند یاد کرده است. این شهر نیز همچون جلفا پس از کوچ کاملاً خالی از سکنه شد.

لازم به ذکر است که ارمنیان شهر جلفای اصفهان ارتباط خود را با مناطق حوزه رود ارس قطع نکردند. گواه این امر نیز شیوه نقاشی های دیواری کلیساهــای منطقه نخجــوان و همچنین، کلیساهای جنوبی رود ارس همچون دیر استپانوس مقدس در داخل خاک ایران است که تحت تأثیر عمیق نقاشی های دیواری کلیساهای جلفای اصفهان اند.

پس از عقد معاهده صلح بین ایران و عثمانی، حاکم جدید خانات ایروان، امیر گوناخان، که شهر ایروان را تقریباً خالی از سکنه یافته بود، اقدام به کوچاندن ارمنیان مناطق همجوار از جمله منطقه نخجوان به شهر ایروان کرد. در زمره این مهاجران اهالی روستای نوسر(۱۸) از بخش شاهابونک (شاهبوز فعلی) قرار داشتند که تمامی آنها را یکجا به روستای نورک،(۱۹) در ارتفاعات مشرف به ایروان (محله نورک فعلی ایروان)، کوچ دادند و به این ترتیب، روستای نوسر کاملاً خالی از سکنه شد.

از این شرایط پیش آمده عثمانی ها نهایت استفاده را کردند و از آنجا که برای نیل به هدف خود؛ یعنی، لشکرکشی به متصرفات دولت صفوی و رسیدن به دریای خزر نیازمند مسیری امن بودند اقوام ترک زبان دشت مغان را تشویق به سکونت در مناطق خالی از سکنه کناره رود ارس کردند. کوچ ارمنیان از این ناحیه و سکونت اقوام جدید منجر به تغییر بافت اجتماعی منطقه شد و ارمنیان، که پیش از این در اکثریت بودند، از نظر تعداد تقریباً با اقوام ترک زبان برابر شدند.

در پایان نیمه اول قرن هجدهم میلادی و پس از کشته شدن نادرشاه افشار، طی تحولاتی که در قفقاز پیش آمد حاکم نخجوان با کمک خانات ماکو توانست از سلطه خان ایروان خارج شود و خانات جدیدی با نام مرکز آن؛ یعنی، شهر نخجوان تشکیل دهد. لازم به توضیح است که خانات نخجوان حدود فعلی منطقه نخجوان را شامل نمی شد. بدین صورت که این خانات از شمال تا ارتفاعات جنوبی دریاچه سوان (شمال شهر جرموک ارمنستان) امتداد داشت و بخش اردوباد، در شرق منطقه، جزو خانات قره باغ و بخش های سدرک و شرور جزو خانات ایروان بود.

از نیمه نخست قرن هجدهم میلادی تا لشکرکشی آغامحمد خان قاجار به قفقاز، خانات نخجوان همچون دیگر خانات همسایه دارای وضعیتی گاه نیمه مستقل بودند و خان های محلی گهگاه با استفاده از ضعف حکومت مرکزی، به علت جنگ های داخلی، اعلام استقلال می کردند و دائماً، برای گسترش مرزهایشان با همسایگان خود در جنگ بودند تا اینکه آغامحمد خان قاجار به این وضعیت پایان داد.

در پایان جنگ های ۲۸ساله ایران و روسیه و پس از تصرف شهر ایروان، روس ها به سمت خانات نخجوان لشکر کشیدند و با عقد پیمان ترکمن چای، در۱۸۲۸م/ ۱۲۴۳ق، رود ارس مرز میان ایران و روسیه تعین شد. طی تقسیمات جدیدی که امپراتوری روسیه در منطقه قفقاز جنوبی صورت داد خانات نخجوان و ایروان با یکدیگر ادغام شدند و استانی با مرکزیت شهر ایروان تشکیل دادند. طبق بند چهارده عهدنامه ترکمن چای به اهالی دو سمت رود ارس اجازه داده شد تا در صورت تمایل به سمت دیگر رود کوچ کنند. در نتیجه، حدود ۴۵ هزار نفر از ارمنیان مناطق ماکو، سلماس، خوی و سایر مناطق آذربایجان ایران به شمال رود ارس مهاجرت کردند و حدود دوازده هزار تن از آنان در منطقه فعلی نخجوان مستقر شدند. طبق آمار ارائه شده از سوی روسیه در سرشماری ۱۸۲۹-۱۸۳۲م جمعیت ارمنیان منطقه نخجوان۴۱/۲ درصد کل جمعیت این منطقه را تشکیل می داد که این تعداد در آمار سال ۱۸۹۷م به۳۴/۴ درصد کاهش یافت.

با تسلط روس ها بر منطقه نخجوان و بنابر سیاست های دولت تزاری زوال اقتصادی این منطقه آغاز شد. روس ها، که خانات سابق ایروان و نخجوان را مناطق مرزی و خط مقدم جبهه مقابله با دو همسایه خود تلقی می کردند، همواره نگران جدا شدن این نواحی از امپراتوری روسیه بودند لذا می کوشیدند تا با از بین بردن استقلال اقتصادی این مناطق آنان را هرچه بیشتر به دولت روسیه وابسته  سازند و به همین دلیل نخجوان و شهرهای کوچک اطراف آن نتوانستند همچون شهرهای باکو و تفلیس رشد یابند و عملاً، به صورت روستایی بزرگ درآمدند. از طرفی نیز دولت مرکزی با بستن عوارض سنگین بر کالاهایی که از حوزه رود ارس عبور می کردند عملاً باعث توقف این رفت و آمدهای تجاری شد و تمامی ناحیه را به شکل منطقه ای کاملاً بن بست درآورد.

با این حال و با وجود تمامی مشکلات اقتصادی، ارمنیان توانستند به رشد فرهنگی خود در این منطقه ادامه دهند. آنان در ۱۸۴۶م نخستین مدرسه به شیوه مدارس نوین را در شهر نخجوان تأسیس و در ۱۸۵۰م نیز تالار نمایشی به نام آرامیان بنا کردند و اولین تئاتر را با به کارگیری افراد محلی در۱۸۶۶م در همین تالار به روی صحنه بردند.

با تحولات اوایل قرن بیستم میلادی در امپراتوری روسیه عمال این امپراتوری به منظور منحرف ساختن جنبش های استقلال طلبانه منطقه قفقاز به خصوص جنبش های ارمنیان، که از۱۸۹۰م بیشترین فعالیت های آزادیخواهانه در منطقه قفقاز مربوط به آنان بود، دست به تحریکاتی برای ایجاد جنگ های قومی در این ناحیه زدند. با شروع این جنگ ها، در ۱۹۰۵م، بین ارمنیان و ترک زبانان مناطق نخجوان، قره باغ، شماخی، باکو و غیره طی دو سال درگیری بسیاری از مردم بی گناه کشته و روستاهای بسیاری نابود شدند. پس از فروکش کردن آتش جنگ، به دلیل نا امنی برخی از مناطق نخجوان، که احتمال درگیری های مجدد در آن وجود داشت، ارمنیان ساکن این منا طق به اجبار خانه های خود را ترک کردند.

طبق آمار سرشماری ۱۹۱۳م ارمنیــان ۳۹/۴ درصــد جمعیـت منطقه نخجوان را تشکیل می دادند اما با اضافه شدن پناهندگانی که در۱۹۱۵م برای نجات جان خود از قتل عام دولت عثمانی از ارمنستان غربی به منطقه نخجوان کوچ کردند شمار جمعیت ارمنیان ساکن در این منطقه افزایش یافت.

با آغاز جنگ جهانی اول و متعاقب آن انقلاب روسیه در۱۹۱۷م، ارتش عثمانی وارد منطقه نخجوان شد و در ادامه برنامه پاک سازی نژادی خود، که از دو سال قبل در ارمنستان غربی آن را به اجرا گذاشته بود، دست به کشتار ارمنیان منطقه نخجوان زد. این قتل عام ها منجر به آن شد که اکثر مناطق غربی نخجوان تقریباً خالی از سکنه ارمنی شود. با پایان جنگ بافت اجتماعی منطقه کاملاً تغییر کرد و ارمنیان نخجوان در وضعیت اقلیت قرار گرفتند که بیشتر در شهرهایی چون نخجوان، آگولیس، اردوباد، یرنجاک و مناطق کوهستانی همجوار با مرز فعلی ارمنستان متمرکز شده بودند.

پس از شکست ارتــش عثمانـی از ارمنستــان در مه ۱۹۱۸م و اعـــلام استـــقلال ارمنستان، منطقه نخجوان جزئی از خاک ارمنستان شد اما طی سال های۱۹۱۸ـ۱۹۲۰م جمهوری آذربایجان با کمک های نظامی و مالی دولت عثمانی، که عمال آن در مناطق همجوار جمهوری ارمنستان متمرکز شده و رهبری نیروهای جمهوری آذربایجان را علیه ارمنستان در دست گرفته بودند، دائماً اهالی آذری مناطق مختلف جمهوری ارمنستان، به خصوص، منطقه نخجوان را علیه دولت مرکزی تحریک و آنان را مسلح می کردند که این امر سبب نا آرامی های دائمی در منطقه می شد و گاه به درگیری هایی خونین می انجامید.

در ۱۰ اوت۱۹۲۰م، پیمان سوِر در شهر پاریس به امضا رسید. مطابق این پیمان نه تنها مرزهای آن زمان جمهوری ارمنستان به رسمیت شناخته شد بلکه تمامی سرزمین های ارمنیان در شرق ترکیه نیز می بایست به خاک ارمنستان مسترد می شد. این پیمان را کلیه دول اروپایی و همچنین عثمانی به امضا رساندند اما به علت سقوط حکومت ارمنستان هیچ گاه به اجرا در نیامد.

پس از سقوط جمهوری های گرجستان و آذربایجان به دست نیروهای بلشویک نوبت به ارمنستان رسید. با ورود ارتش یازدهم سرخ به ارمنستان از مرزهای شمالی و شرقی آن و هم  زمان حمله ارتش ترکیه به این کشور به فرماندهی آتاترک از مرزهای غربی جمهوری ارمنستان سقوط کرد و در ۲۹نوامبر۱۹۲۰م جزو کشورهای اتحاد جماهیر شوروی اعلام شد. متعاقب این وقایع نریمانوف، رهبر شورای انقلاب بلشویکی آذربایجان، طی بیانیه ای، در اول دسامبر همان سال، مناطق قره باغ و نخجوان را جزو خاک ارمنستان شناخت و کلیه ادعاهای ارضی آذربایجان را نسبت به ارمنستان منتفی اعلام کرد اما این اعلامیه مورد قبول ترکیه، که بخش های غربی ارمنستان و قسمتی از نخجوان را تحت اشغال درآورده بود، قرار نگرفت و لذا طی تحریکاتی که در داخل خاک آذربایجان صورت داد مخالفت ها شروع شد تا جایی که نریمانوف را خائن به آرمان های حزب و انقلاب بلشویکی مردم آذربایجان اعلام کردند.

به دنبال تحولات سیاسی و تغییرات مرزی جدید ترکیه، که یکی از هم پیمانان شوروی به حساب می آمد، برای مشخص شدن وضعیت مرزهای غربی ارمنستان به مذاکره با دولت شوروی پرداخت که نتیجه آن عقد پیمان مسکو در ۲۱ مارس۱۹۲۱م بود. بر اساس این پیمان تمامی مناطق تحت اشغال ترکیه، به غیر از منطقه نخجوان، به خاک این کشور ملحق و مناطق قره باغ و نخجوان نیز از خاک ارمنستان جدا شد و به صورت منطقه ای خودمختار تحت نظارت آذربایجان درآمد.

از آنجا که این پیمان مابین ترکیه و شوروی و بدون حضور نمایندگان ملل قفقاز به امضا رسیده بود ترکیه با دوراندیشی ای که داشت نگران ادعاهای آتی ارمنستان در خصوص اراضی غصب شده آنان بود لذا به درخواست دولت ترکیه این پیمان مجدداً در ۱۳ اکتبر۱۹۲۱م بین نمایندگان ارمنستان، آذربایجان، گرجستان و نمایندگان ترکیه در شهر قارص به امضا رسید که به پیمان قارص معروف شد. مطابق بند پنج و الحاقیه شماره سه این پیمان ارمنستان و آذربایجان توافق کردند که منطقه نخجوان تحت نظارت آذربایجان قرار گیرد.

از آنجایی که سه جمهوری قفقاز (ارمنستان، آذربایجان و گرجستان) در زمان امضای این پیمان کشورهایی مستقل نبودند این معاهده وجاهت بین المللی ندارد. به همین علت نیز در حال حاضر یکی از سه شرط دولت ترکیه برای برقراری ارتباط با جمهوری ارمنستان به رسمیت شناختن این پیمان است.

توجیه الحاق منطقه نخجوان به آذربایجان این بود که بیشتر ساکنان منطقه نخجوان را آذری ها تشکیل می دهند اما این توجیه بهانه ای بیش نبود زیرا در حین این تحولات منطقه قره باغ با بیش از ۹۸درصد جمعیت ارمنی با فشارهای ترکیه تحت تسلط آذربایجان اعلام شد.

با اعلام الحاق مناطق قره باغ و نخجوان به جمهوری آذربایجان تنها منطقه باقی مانده که نخجوان را از جمهوری آذربایجان جدا می ساخت، ارتفاعات جنوبی ارمنستان معروف به زانگزور بود. لذا در مرحله بعد ارتش سرخ به بهانه پاک سازی ضد انقلابیون سعی کرد این نواحی را به منطقه نخجوان و در نهایت، به جمهوری سوسیالیستی آذربایجان ملحق سازد که با مقاومت ارمنیان منطقه و شورشی مسلحانه به فرماندهی گارگین نژده و پس از جنگ هایی خونین مسکو مجبور به انصراف از این تصمیم گیری شد. لذا در ۹ فوریه ۱۹۲۴م منطقه نخجوان رسماً به جمهوری آذربایجان ملحق شد.

با الحاق مناطق نخجوان و قره باغ به خاک آذربایجان ترکیه، که همچنان به دنبال محقق ساختن برنامه پیشین خود در مورد قفقاز؛ یعنی، تحت نفوذ درآوردن این منطقه به طور کامل بود، به بخشی از اهداف خود دست یافت اما به علت هم مرز بودن ایران و ارمنستان در بخش غربی نخجوان نتوانست با این منطقه و در نهایت، با آذربایجان هم مرز شود. لذا، از اوایل دهه۱۹۳۰م شروع به مذاکراتی با ایران به منظور دستیابی به باریکه ای از خاک ایران برای هم مرز شدن با آذربایجان کرد و بالأخره، پس از سه سال مذاکره، در ۲۳ ژانویه۱۹۳۲م/ ۲بهمن۱۳۱۰ش، موافقت نامه ای بین فروغی به نمایندگی از ایران و رشدی بیک به نمایندگی از دولت ترکیه به امضا رسید که به موجب آن در قبال دریافت اراضی ای در منطقه قطور از خاک ترکیه، ایران ارتفاعات آرارات کوچک را، که با ارمنستان هم مرز بود، به ترکیه واگذار کرد. به این ترتیب، ترکیه نه تنها موفق شد ارتباط ایران و ارمنستان را در این منطقه قطع و منطقه نخجوان را از حالتی بسته خارج سازد بلکه دارای مرزی دوازده کیلومتری با منطقه نخجوان نیز شد. این موافقت نامه در جلسه هفتاد و هفتم مجلس شورای ملی به تاریخ ۲۸ اسفند۱۳۱۰ش(۲۰) به تصویب نمایندگان و موافقت نامه نهایی نیز در ۱۹۳۴م طی سفر رضاشاه به آنکارا با آتاترک به امضا رسید.(۲۱)

طی تحولاتی که در دهه۱۹۳۰م، در زمان استالین، در شوروی، روی داد تعداد زیادی از ارمنیان منطقه شرقی نخجوان، به خصوص، از شهرهای آگولیس و اردوباد به داخل خاک ایران مهاجرت کردند که بازماندگان آنان هنوز هم در شهرهای تهران و تبریز سکونت دارند.مطابق آمار سرشماری۱۹۷۰م جمعیت ارمنیان منطقه نخجوان بالغ بر۳ درصد کل جمعیت این منطقه بود که این تعداد در ۱۹۷۹م به ۱/۴درصد جمعیت؛ یعنی، ۳٬۴۰۰ نفر کاهش یافت.طی هفتاد سال تسلط حکومت شوروی و اعمال سیاست های ارمنی زدایی از منطقه نخجوان شمار زیادی از ارمنیان این ناحیه به اجبار از نخجوان کوچ کردند و متعاقب این مهاجرت آثار به جای مانده از آنان نیز به دست حکومت محلی تخریب شد.

پس از استقلال جمهوری های سابق شـوروی و آغـــاز منـاقشه قره باغ، ارمنیــان بــاقی مانده در نخجـوان نیــز از این منطقه اخراج شدند. طی سال های پس از استقلال، جمهوری آذربایجان با پیروی از سیاست های ترکیه برای اثبات عدم تعلق ارمنیان به این منطقه و نبود پیشینه ای از آنان اقدام به تخریب بناهای تاریخی به جای مانده از ارمنیان در ابعاد بسیار وسیع کرد که تصاویر شماری از این بناها را ارائه کرده ایم.

حد نهایت این نابودسازی فرهنگی در منطقه جلفا اتفاق افتاد. در کناره رود ارس و در نزدیکی خط مرزی ایران، حدود سه هزار چلیپاسنگ (سنگ صلیب) مربوط به سده های نهم تا شانزدهم میلادی قرار داشت که آثاری منحصر به فرد محسوب می شدند. در ۱۹۹۸م جمهوری آذربایجان با کمک ماشین آلات سنگین پس از خرد کردن این چلیپاسنگ ها شروع به حمل آنها با قطار به محلی نامعلوم کرد که با اعتراض دولت ارمنستان و دخالت یونسکو تخریب این چلیپاسنگ ها متوقف شد اما به دلیل عدم قاطعیت سازمان های بین المللی در جلوگیری از نابودسازی فرهنگی درمنطقه نخجوان دولت آذربایجان تخریب این آثار را از سر گرفت و در نوامبر۲۰۰۴م، با اعزام حدود دویست سرباز طی چند روز کلیه سنگ صلیب ها خرد شد، آنها را به داخل رود ارس ریختند و سپس، در محل این آثار با ارزش تاریخی میدان تیر بنا کردند.(۲۲)

در نوامبر ۲۰۰۷م، در دانشگاه هاروارد امریکا، نمایشگاه عکسی در خصوص بناهای تاریخی ارمنیان در منطقه نخجوان پس از فروپاشی شوروی برگزار شد. در مصاحبه مطبوعاتی ای که با سخنگوی وزارت امور خارجه جمهوری آذربایجان در حضورخانم آن درسه، سفیر امریکا در آذربایجان، در باکو صورت گرفت، وی در پاسخ به سؤالی در خصوص این نمایشگاه اعلام کرد، طبق تحقیقات آکادمی علوم جمهوری آذربایجان ارمنیان هیچ گاه در منطقه نخجوان سکونت نداشته اند و تا کنون نیز هیچ آثاری از آنان در کل این منطقه به دست نیامده است!!!