شهر اجمیادزین(۱)، ‏ که نام اصلی آن واقارشاباد(۲) است، در ۱۶ کیلومتری غرب ایروان واقع شده است. از آنجایی که مقر ‏رهبری دینی ارمنیان در اجمیادزین قرار دارد، این شهر، پایتخت دینی کل ارمنیان جهان محسوب می شود. نخستین کلیسای ارمنیان، ‏پس از رسمیت یافتن مسیحیت در ارمنستان، در این شهر ساخته شد. طی کاوش های باستان شناختی در حومه شهر، ‏سکونتگاه های بسیاری از دوره پارینه سنگی و دوره های بعد در تپه شرش(۳) در شمال غرب و تغت(۴) با قدمت بیش از پنج ‏هزار سال و موخرابلور(۵) در جنوب و همچنین بقایای آب انباری از دوره اورارتو در شمال و گورستان وسیعی در شرق و بسیاری مکان های دیگر در اطراف شهر امروزی یافت شده است.(۶) آثار به دست آمده از این مناطق از نظر فرهنگی با آثار یافت شده در واقارشاباد شباهت دارد، ‏که همگی آنها از فرهنگی مشترک حکایت می کنند که به تمدن حوزه میانی رود کاساخ(۷) تعلق دارد. بررسی هریک از این مناطق ‏موضوعی جداگانه است و از آنجایی که بحث در مورد آنها باعث طولانی شدن مقاله می شود در نوشتار حاضر تنها نگاهی خواهیم داشت ‏به تاریخچه و آثار شهرواقارشاباد. این شهر در دوره ای از تاریخ پایتخت ارمنستان بوده و با دین مسیحیت در ‏ارمنستان ارتباط مستقیم داشته و دارد.‏

واقارشاباد (اجمیادزین)، چهارمین شهر بزرگ جمهوری ارمنستان(۸) و بزرگ ترین شهر استان آرماویر، در ‏شرق این استان در دشت آرارات و دامنه شرقی کوه آرارت قرار دارد. تحت تأثیر وضعیت آب وهوایی دشت و ‏کوه مرتفع آرارات این شهر دارای تابستان های نیمه خشک با دمای ۲۶ ـ ۴۲ درجه و زمستان های سرد با دمای ۶- تا ۲۵- درجه سانتی گراد است. ارتفاع آن از سطح دریاهای آزاد ۸۸۰متر است و پایین تر از شهر ‏ایروان قرار دارد. فصل بهار در آن کوتاه و فصل پاییز طولانی است و بارش سالانه آن به ۲۰۰ـ ۳۵۰ میلی متر می رسد. هرچند از داخل شهر ‏رودی عبور نمی کند عمق آب های زیرزمینی آن کم است.‏

دشت آرارات قرن هاست که قلب فلات ارمنستان محسوب می شود و زمانی مرکز تجاری، سیاسی و اقتصادی بود. شش(۹) پایتخت از دوازده(۱۰) پایتخت ارمنستان در دوره های مختلف در این دشت وسیع قرار داشته اند. دشمنان همواره برای نظارت بر کل کشور و راه های بازرگانی سعی کرده اند این منطقه را به طور کامل در اختیار داشته باشند. به ‏همین دلیل، در شهرهای دشت آرارات علاوه برآثار مختلف از حکومت های محلی از آنان نیز آثاری به جا مانده ‏است.‏

از واقارشاباد و پیرامون آن نخستین بار در دوره اورارتو در کتیبه ای متعلق به روسای دوم با نام دشت کوارلینه(۱۱) نام برده شده است. ایـن کتیـبه، که در ‏دیـر زوارتنوتـس(۱۲) پیدا شـده، مـی گویـد که به دلیـل کمبـود آب در مـنطقـه، روسـا آبـراهـه ای با نـام اومیـشینــی(۱۳) از رود ایلـدارون(۱۴) بـه ایـن سمـت حفـر کرده است.(۱۵) در کاوش هـای ‏باستان شناخـتی داختل محوطه کلیسای جامـع اجمیادزین کتیبه ای دیگـر از دوره اورارتو یافته اند(۱۶) که نوشته روی آن به علت ساییدگی محو شده ‏است.‏

در متـون باستـانی، به دلیـل وجود معـبد آناهیـتا، از این مـکان با نام یونانـی آرتیمد(۱۷) یاد شده است‏.(۱۸) در قرن ششم ‏پیش از میلاد، در دوره ‏حکومت یرواند (۵۷۰ ـ۵۶۰ پ م)(۱۹) از خاندان یرواندونی شوهرخواهر وی در مکانی که معبد آرتیمد قرار داشت شهری بنا کرد که به نام خود وی، وارتکساوان،(۲۰) نامیده شد.(۲۱) در دوران پادشاهی واقارش اول (ولاش) ‏ (۱۱۷ـ۱۴۴م)از خاندان ‏آرشاگونیاتس، در نیمه نخست قرن دوم میلادی در شهر وارتکساوان کاخی برای اقامت پادشاه و معبدی جدید ساخته شد. ‏اطراف شهر را دیوار و خندق کشیدند و شهر جدید را واقارشاباد نامیدند . پایتخت نیز از شهر آرتاشات(۲۲) به این ‏شهر منتقل شد. واقارشاباد دارای پلان چهارگوش بود. به غیر از دیوار و برج های دفاعی برای امنیت بیشتر شهر ‏از خندق استفاده کرده بودند. این خندق ها در زیر دیوارهای شمالی، شرقی و جنوبی حفر شده بودند. با استفاده از رودخانه کاساخ، که ازکنار دیوار غربی شهر جاری بود، این خندق ها را پرآب ‏نگه می داشتند. آب خندق در ضلع جنوبی باعث ایجاد مرداب شده بود. رودخانه پس از ‏ ۱۸۳۳م مسیر خود را تغییر داد و از شهر فاصله گرفت.‏

واقارشاباد، برخلاف دیگر شهرهای ارمنستان، دارای استحکامات طبیعی نبود و در دشتی مسطح بنا شده بود. بنابراین، به احتمال زیاد دارای دیوارهای دفاعی مرتفع در دو ردیف بوده است. به روایتی، شهر چهار دروازه ‏داشته اما تنها از دو دروازه آن اطلاعاتی در دست است. دروازه اصلی با نام آرگ(۲۳) به معنای آفتاب در شرق قرار داشت. این نام با معبد مهر مرتبط بوده که کمی دورتر از دروازه در کنار جاده شرقی قرار داشته. اکنون، در ‏جای آن کلیسای هریپسیمه مقدس واقع شده است. دروازه جنوبی، در شرق دیوار جنوبی و در مجاورت مرداب های واقع در این ‏سمت قرار داشت. اعدام مجرمان در این مرداب ها صورت می گرفت.‏(۲۴)

براساس گواهی مورخان قرن پنجم، شهر در قرن چهارم میلادی پرجمعیت بوده است اما با در نظر ‏گرفتن محدودیتی که دیوارهای شهر به وجود می آورد. بخش بزرگی از جمعیت خارج از این دیوارها و در اطراف آن، به جز سمت شرقی که قبرستان بود، سکونت داشتند. در داخل شهر، به جز کاخ پادشاهی و معبد آناهیتا که دارای ‏دیواری جداگانه بودند، خانه های اشراف، بازار و پادگان نظامی و در بیرون از دیوارهای شهر و در بین باغ ها خانه های ‏مردم عادی، صنعتگران و کشاورزان قرار داشت. از آنجایی که در فصل تابستان هوای شهر گرم بود، بسیاری از ساکنان آن به باغ های اطراف و روستاهای کنار رود کاساخ نقل مکان می کردند.‏(۲۵)

هنگام ساخت خوابگاه راهبان و کارگاه کاغذسازی در محوطه دیر اجمیادزین سنگ های دیوارها و کف ‏کاخ به دست آمد. هنگام ساخت چاپخانه نیز قسمتی از حمام کاخ پیدا شد. زمانی که ساختمان ‏مدرسه در خیابان ماشتوتس امروزی در تقاطع خیابان اسپانداریان ساخته می شد بقایای دروازه شرقی و کمی دورتر از آن ‏به سمت شرق، که خارج از دیوارهای شهر بوده است، گورستان سربازان رومی و تعدادی سکه رومی متعلق به سال ‏های ۶۹ و۷۱م پیدا شد. قرار داشتن دروازه شهر در این خیابان ـ که امروزه خیابان اصلی، پس از ورود به شهر از سمت ‏شرقی است ـ حکایت از آن دارد که خیابان بر روی جاده شرقی شهر در قرن چهارم میلادی قرار گرفته است.‏

گورستان شهر در دشت واقع در شرق آن، حدفاصل کلیسای هریپسیمه مقدس و دیر زوارتنوتس قرار داشته است. در۱۹۳۱م، به سرپرستی آشخارابک کالانتار و با همکاری معمار معروف، توروس تورامانیان، کاوش های باستان شناختی ‏در این محدوده به سمت جنوب و تپه آناسناتاغ(۲۶) صورت گرفت. طی کاوش در چندین تپه قبرهای متعددی از دوره پارینه سنگی تا دوره ‏پس از احداث شهر و تا سده های هجدهم و نوزدهم میلادی یافت شد. در این قبرها تدفین به پنج شکل مختلف صورت گرفته است. در کنار بومیان ارمنی ‏که بیشتر سکنه شهر را تشکیل می دادند، قبر مردمی از پارت، روم، آشور و گورهایی متعلق به یهودیان نیز یافت شده است.(۲۷) تورامانیان، ‏که بر روی گورستان شرقی کار کرده، شرح کامل اکتشافات را در کتاب خود آورده است.‏(۲۸)

در بین گورهای کوزه ای، قبری وجود دارد که بر روی آن کلمات لاتین‏LEG IV SC‏ به چشم می خورد که ‏مخفف ‏Legio IV Scythica‏ به معنی لژیون چهارم سکاهاست. در کتیبه ای از ترایانوس(۲۹)، امپراتور روم (۹۸ ـ ۱۱۷م)، ‏که آن را در شهر ودی(۳۰) یافته اند، از همین لژیون یاد شده است. این موضوع بیانگر حضور ارتش روم در این مکان پیش از بنای کاخ و ‏دیوارهای شهر است.(۳۱)

نظریه ای وجود دارد مبنی بر اینکه حتی پس از اینکه، واقارش، پادشاه ارمنستان، این شهر را بنا کرد همچنان آرتاشات، پایتخت ‏ارمنستان بود. پس از درگذشت واقارش، در ۱۴۴م امپراتور روم، آنتونیوس پیوس (۱۳۸ ـ ۱۶۱م)‏، ‏ دستور حمله به ارمنستان ‏را صادر کرد. در جنگ هایی که بین سپاه روم و سپاه مشترک ارمنستان ـ پارت رخ داد(۳۲) رومیان آرتاشات را ‏ویران کردند و سوهه موس، پادشاه دست نشانده روم، به ناچار پایتخت را به واقارشاباد منتقل ساخت. در کتیبه های رومی به جای مانده از این دوره، از واقارشاباد با نام کاینه پولیس، به معنی شهر جدید، یاد شده است.(۳۳)

در ۱۶۳م، ارمنستان علیه سلطه روم قیام کرد. به دستور امپراتور مارکوس اورلیوس(۱۶۱ ـ ۱۸۰م)(۳۴) ‏دو لژیون مستقر ‏در شرق، به فرماندهی لوسیوس وروس(۳۵)، شورش را سرکوب کردند و برای مهار ارمنستان لژیون های ‏‏۱۲ فولمیناتا(۳۶) و ۱۵ آپولون در واقارشاباد مستقر شدند. از این لژیون ها آثاری به جا مانده است. ‏کتیبه های پیدا شده در دیوار شرقی و گورستان شهر از جمله آنهاست.‏

یکی از کتیبه ها در ۱۹۱۴م هنگام حفر گذرگاه آب، در نزدیکی کلیسای هریپسیمه، واقع در انتهای شرقی شهر امروزی، پیدا شد که متعلق به قبر زن و دختر یک نظامی رومی است. فرد ‏رومی در کتیبه، که به زبان لاتین است، خود را از نظامیان لژیون ۱۵آپولون معرفی کرده است. بر روی سنگ قبر، نام وی ماکسیم، نام زن ۳۵ ساله اش والنتین و نام دختر سیزده ساله اش والنت، ذکر شده است.(۳۷) کتیبه دوم، به زبان لاتین، در ۱۸۶۲م در تپه های خاکی به جا مانده از ویرانه های ‏دیوار شرقی شهر پیدا شد.(۳۸) ‏ این نوشته را پاول میخاییلویچ لئوندیوه، استاد دانشگاه ‏مسکو، خوانده است. به نظر او این کتیبه متعلق به ۱۶۲م و زمان امپراتوری مارکوس آورلیوس(‏۱۶۱ ـ ۱۸۰م) است.

در ابتدای ‏کتیـبه نام فرمانـده سپاه روم حـک شده بود که به عمـد تراشیـده شده است. در این خصوص، نظرات مختلفی وجود دارد. ‏براساس مقاله سرداریان، چاپ شده در ماهنامه اجمیادزین، با نام «مکان واقارشاباد قدیم براساس یافته های باستان شناسی و ‏متون قدیمی»، این کتیبه را در ۱۸۵م در دیوار شهر جاسازی کردند. در این کتیبه، نام کوموتیوس، فرمانده لژیون ۱۵ ‏آپولون، نیز ذکر شده بود که در جنگ با ایران در ۱۹۲م شکست فاحشی خورد. طبق تصمیم سنای روم نام ‏او می بایست از کلیه کتیبه ها محو می شد. این دستور در کتیبه شهر واقارشاباد نیز اجرا شد. در این کتیبه، به قیصر ‏آورلیوس و حضور لژیون ۱۵ آپولون در منطقه اشاره شده اما از شهری که کتیبه در آن قرار داشته نام برده نشده ‏است.(۳۹)

دیون کاسیوس(۴۰)، در کـتاب تاریخ روم، مـکان استقرار کلیـه لژیون های روم را نام بـرده و از ‏حضور لژیون های چهارم، دوازدهم و پانزدهم در ارمنستان یاد کرده است. کتیبه های یافت شده در ‏واقارشاباد حضور این لژیون ها را در سده اول و دوم میلادی در این شهر تأیید می کند.‏

پس از دو دهه تسلط روم بر ارمنستان، واقارش دوم(۱۸۵ـ ۱۹۸م) با کمک اشکانیان ایران موفق به بازپس گیری استقلال ارمنستان شد. خاندان آرشاگونیاتس بار دیگر حکومت ارمنستان را به دست گرفتند. این مقطع با شروع نفوذ روزافزون ‏مسیحیت در بین اقشار مختلف جامعه مصادف بود. در زمان پادشاهی تیرداد سوم(۲۸۷ ـ ۳۳۰م) واقعه ای مهم در ارمنستان اتفاق افتاد و آن ‏رسمیت یافتن مسیحیت بود، که از واقارشاباد آغاز شد.‏

در متون باستانی، در وقایعی که به رسمیت یافتن مسیحیت در ارمنستان انجامید از واقارشاباد بسیار نام برده شده که لازم است نگاهی مختصر به آنها بیندازیم. در زمان پادشاهی تیرداد سوم، گروهی از راهبه های مسیحی ‏به رهبری گایانه(۴۱) مقدس از روم گریختند و به ارمنستان آمدند. انتخاب ارمنستان به این سبب بود که مسیحیت، هر چند در ‏خفا، در بین مردم گسترش بسیار یافته بود. دیوکلتیانوس(۴۲)، امپراتور روم (۲۸۴ـ ۳۰۵م)، در نامه ای از تیرداد خواست تا همه راهبه ‏ها را به قتل برساند و یکی از آنان را با نام هریپسیمه به روم بازگرداند.‏(۴۳)

راهبه ها ، که هفتاد نفر بودند، به همراه هریپسیمه به خانه های ارمنیان در حومه واقارشاباد پناه بردند. ‏به فرمان تیرداد آنان را یافتند و چند تن از آنان از جمله هریپسیمه را دستگیر کردند و پس از شکنجه به شهادت رساندند.(۴۴) دیگر ‏راهبه ها سعی کردند تا شهدا را طبق قوانین مسیحیت به خاک بسپارند اما سربازها اجازه ندادند. در درگیری ای که پیش آمد ۳۲ نفر از راهبه ها کشته شدند(۴۵) هریپسیمه در باغ های شمال شرق، بیرون دیوارهای شهر و گایانه به همراه دو راهبه ‏دیگر در مرداب های کنار دروازه جنوبی به شهادت رسیدند.(۴۶) راهبه هایی که جان سالم به در برده بودند به مکان های ‏امن پناه بردند. شماری از آنان به گرجستان و اران رفتند و در آنجا به ترویج مسیحیت پرداختند.‏

سال ها بعد طی وقایعی(۴۷)، تیرداد به دست گریگور روشنگر به مسیحیت گروید و در ۳۰۱م دین ‏رسمی ارمنستان مسیحیت اعلام شد.(۴۸) گریگور مقدس معبد آناهیتا را در محوطه کاخ پادشاهی ‏ویران و بنابر وحی ای که به او شده بود، نخستین کلیسای ارمنستان را در این مکان بنا کرد که همان کلیسای جامع ‏اجمیادزین امروزی است. این کلیسا از ابتدا تا به امروز با نام اجمیادزین مقدس، به معنی مکان حلول حضرت مسیح، ‏نامیده شده است. وی سپس، با یافتن مکان دفن راهبه ها،آنان را داخل قبرهایی جای ‏داد که بر روی آنها نمازخانه ساخته شد.(۴۹)

از کلیساهای ساخته شده در اوایل قرن چهارم میلادی هیچ بنایی به شکل اولیه خود حفظ نشده است اما بر اساس نوشته های ‏آگاتانگغوس، مورخ قرن پنجم میلادی، در محوطه کلیساها کاوش هایی صورت گرفت. در نتیجه این کاوش ها آثاری از کلیساهای ‏اولیه و سنگ قبر مسیحیان آن دوره یافت شد.

در کاوش هایی که در محوطه کلیسای هریپسمه صورت گرفت ‏بقایای نمازخانه اولیه ای که گریگور مقدس بنا کرده بود همچنین بقایای معبد مهر یافت شد. این معبد را گریگور ‏مقدس تخریب کرده و به جای آن نمازخانه ای ساخته بود. سپس، قبر هریپسیمه مقدس را به آنجا منتقل کرده بود. آرامگاه آن قدیس تا به امروز نیز در این مکان حفظ شده است. این وضعیت در خصوص دیگر کلیساهای شهر نیز صدق می کند.‏

در کـاوش های ۱۹۵۸م، در داخـل کلیـسای اجمیادزین در محل محراب کلیسا، کتیبه ای از دوره ‏اورارتو و بقایای آتشکده معبد را یافتند. در محیط اطراف آن نیز ته ستون های کلیسای اولیه، متعلق به قرن چهارم میلادی، ‏مشاهده می شود.‏

در ۱۹۷۹م، در کاوش های باستان شناختی در منطقه غرب کلیسای شوغاگات قسمت هایی از یک کلیسای ‏بازیلیک متعلق به قرن چهارم میلادی یافت شد. طبق بررسی های صورت گرفته این کلیسا در قرن پنجم و هفتم میلادی ‏مرمت شده بود.(۵۰) نقش های پی دیوارهای این کلیسا شبیه نقش های ته ستون های کلیسای جامع ‏اجمیادزین در قرن چهارم است.‏

گورستان اطراف کلیسای بازیلیک به علت کشاورزی در این مکان، به طور کامل ویران شده است. با این حال، تعدادی ‏سنگ قبر با کتیبه روی آنها را پیدا کرده اند که مربوط به قرن هفتم میلادی است. مورد جالب درباره این کلیسا یافتن بقایای ساختمان چرخشت ‏در امتداد دیوار جنوبی آن و پایین تر از سطح بناست. بررسی ها مشخص کرده که قسمتی از ساختمان چرخشت نیز در زیر ‏کلیسا قرار دارد. بنابر کتاب آگاتانگغوس به احتمال زیاد این چرخشت همان مکانی است که ‏هریپسیمه مقدس در آن اقامت داشت و در آنجا، دستگیر شد.(۵۱) همچنین، مکانی است که تعدادی از راهبه ها را در آنجا شکنجه کردند و به ‏شهادت رساندند.(۵۲) بنابر نوشته آگاتانگغوس، که شرح آن رفت، گریگور مقدس در مکان شهادت راهبه ها کلیسایی بنا ‏کرد. با در نظر گرفتن تاریخ بنای کلیسا و وجود بقایای چرخشت و یافتن تابوتی سنگی محتوی بقایای جسد زنی که ‏استخوان هایش به عمد شکسته شده، این کلیسا در همان مکانی ساخته شده است که ‏راهبه ها در آن اقامت داشتند و با ساختن کلیسا بر روی آن خواسته اند این مکان را حفظ کنند و به آن تقدس دهند. گریگور روشنگر همچنین بقایای جسد یکی از راهبه ها را، با نام ماریانه، به مکانی دیگر منتقل و بر روی قبر ‏وی، کلیسایی بنا کرد. این کلیسا شوغاگات مقدس نام دارد و قبر آن قدیس در زیر محراب آن واقع شده است.‏

پس از درگذشت تیرداد سوم در ۳۳۰م، جانشین وی، خسرو سوم، پادشاه ارمنستان شد. در دوران حکومت ‏وی، شهر دوین(۵۳) ‏بنا و پایتخت از واقارشاباد به شهر جدید منتقل شد. پنج سال بعد، اقوام کوچ نشین ماساگت ‏با گذشتن از کوه های قفقاز با استفاده از غیبت سپاه ارمنستان، که برای مقابله با حمله احتمالی شاپور دوم ‏ساسانی (‏۳۰۹ ـ ۳۷۹م) در مناطق جنوبی مستقر شده بودند، به ارمنستان حمله کردند. آنان موفق شدند واقارشاباد را تصرف و آن را غارت کنند. در ‏‏۳۳۶م، سپاه ارمنستان توانست آنان را از کشور بیرون براند و واقارشاباد را آزاد سازد.‏(۵۴)

در ۳۳۷م، شاپور دوم ساسانی مناطقی از بین النهرین و جنوب ارمنستان را تصرف کرد. در دوران حکومت او، جنگ های ‏سی ساله با ارمنستان و روم آغاز شد. در نهایت، در۳۶۳م روم شکست خورد و پیمان صلحی سی ساله میان این امپراتوری و ایران منعقد شد‏ و در نتیجه این پیمان ارمنستان در مقابل سپاه شاپور ساسانی تنها ماند. یک سال پس از عقد پیمان صلح با روم، شاپور ‏دوم حمله ای سراسری به ارمنستان شروع کرد.(۵۵) ‏وی توانست بسیاری از شهرها از جمله واقارشاباد را تصرف کند.‏

او بسیاری از ساکنان شهرهای تحت تصرف، از جمله واقارشاباد، را به مناطق داخلی ایران کوچ داد. تمامی ‏این وقایع در کتاب پاوستوس بوزاند، مورخ ارمنی قرن پنجم میلادی، ذکر شده است. بنابر نوشته وی شاپور ساسانی نوزده هزار ‏خانواده را از واقارشاباد به اسارت برد و تمامی شهر از جمله کلیساها را به آتش کشید. درنتیجه، شهر از سکنه خالی شد.(۵۶) پس از این واقعه، تا نیمه دوم قرن بیستم میلادی، واقارشاباد نتوانست خود را در قالب شهر احیا کند. اگر ‏کلیسای اجمیادزین و آرامگاه های قدیسان در این مکان نبود، این شهر نیز همچون بسیاری از شهرهای دیگر ارمنستان به تاریخ ‏می پیوست.‏

پس از خاتمه جنگ و تقسیم ارمنستان به دو بخش (۳۸۷م) تحت نظارت ایران ساسانی و امپراتوری روم ‏برای مدتی صلح به این سرزمین بازگشت. در این مدت، کلیسای جامع اجمیادزین مرمت شد و جاثلیق به شهر واقارشاباد بازگشت، شهری که از آن ‏فقط مرکز دینی ارمنستان باقی مانده بود. در ۴۰۶م، در زمان جاثلیق ‏ساهاک بارتو(۵۷)، مسروپ ماشتوتس الفبای زبان ارمنی را ابداع کرد و اولین مدرسه برای آموزش در دیر اجمیادزین تأسیس و ‏هم زمان ترجمه کتاب مقدس نیز در این مکان آغاز شد.‏(۵۸)

با آغـاز دور جـدید جنـگ های ایران ساسانـی و روم، یزدگـرد دوم ساسانـی(۴۳۸ ـ ۴۵۷م)‏ برای پایان دادن به نفوذ روم در ‏ارمنستان، موبدان زرتشتی را برای تبلیغ دین زرتشت به آن سرزمین اعزام کرد. این کار با واکنش ارمنیان و کلیسای ‏ارمنستان مواجه شد. در نهایت، در ۴۵۱م جنگی دینی با نام آوارایر(۵۹) میان سپاهیان یزدگرد و سپاه ارمنستان به فرماندهی ‏وارطان مامیگونیان درگرفت. این جنگ با شکست ارمنیان خاتمه یافت(۶۰) و کلیساهای واقارشاباد غارت شد. با این حال، مقاومت ‏مردم ارمنستان باعث شد تا یزدگرد از هدف خود برای تغییر دین ارمنیان دست بکشد.‏

سـه دهـه بعد، ارمنستـان بار دیـگر شورش کـرد. پس از پیروزی شورشیان، به فـرماندهـی واهان مامیگـونیان، بر سپاه ‏پیروز یکـم ساسانی(۴۵۷ـ ۴۸۴م)، در سال ۴۸۴م(۶۱)، پیـمان نوارساک میان دو طرف منعـقد و واهان مامیگونیان به سمت مرزبانی ارمنستـان ‏منصوب شد و حـکومت ساسانی مسیحیت را به منزله دین ارمنیان به رسمیت شناخت. در ۴۸۵م، در زمان جاثلیق هوهان مانداگونی(۴۷۸ ـ ۴۹۰م)(۶۲) واهان ‏مامیگونیان کلیسای جامع اجمیادزین را مرمت کرد.‏(۶۳)

با توجه به وضعیت نامساعد واقارشاباد، که دیگر شهر نبود و ویران شده بود، در ۴۸۵ م مقرر ‏جاثلیق به دوین، پایتخت وقت ارمنستان، منتقل شد.(۶۴) واقارشاباد، که زمانی پایتخت سیاسی و دینی ارمنستان ‏بود، به صورت دیری با تعدادی راهب و زیارتگاهی برای مسیحیان در آمد.(۶۵) با وجود این، کلیسای ‏اجمیادزین همچنان اهمیت خود را حفظ کرد چنان که در ۴۹۱م به دستور جاثلیق بابکن وتمتسی (۴۹۰ـ ۵۱۶م)(۶۶) ، جلسه اسقفان کلیسای ارمنستان در ‏مخالفت با تصمیمات شورای کلسدونی(۶۷) و اعلام استقلال کلیسای ارمنستان در این شهر برگزار شد.‏(۶۸)

در ابتدای قرن هفتم میلادی و هم زمان با آغاز دوره شکوفایی فرهنگی ارمنستان در همه نقاط کشور بناهایی ‏شکوهمند ساخته شد. جاثلیق کومیتاس آغزکتسی(۶۱۵ ـ ۶۲۸م)(۶۹) نیز با هدف بازگرداندن اهمیت دینی واقارشاباد دست به اقداماتی زد. او کلیسای جامع اجمیادزین را مرمت و بر روی بناهای نیمه ویران آرامگاه راهبه ها کلیساهای جدید بنا کرد. ‏اقدامات او سبب بازگشت زندگی به واقارشاباد شد، اما در قالب روستایی در اطراف کلیسای اجمیادزین. از کلیساهایی که ‏او بنا کرد کلیسای هریپسیمه مقدس تا کنون به همان شکل اولیه باقی مانده است. دو کتیبه روی دیوارهای آن گواه ‏این موضوع است.

کلیسای هریپسیمه مقدس، که در ابتدای ورودی شرقی شهر اجمیادزین امروزی قرار دارد، در ۶۱۸م بنا شده ‏است و آرامگاه راهبه شهید در زیر محراب آن قرار دارد. این کلیسا دارای سبک معماری خاصی است که متأثر از‏ سبک کلیساهایی است که در نقاط مختلف ارمنستان و گرجستان بنا شده است.‏(۷۰)

این وضعیت آرامش و سازندگی چندان دوام نیاورد. از نیمه دوم قرن هفتم میلادی، حملات عرب ها به ارمنستان ‏آغاز شد و تا پایان قرن، ارمنستان تحت سلطه خلفای اموی قرار گرفت. در این دوره واقارشاباد نیز همچون دیگر ‏مناطق ارمنستان غارت و تخریب شد. پس از استقلال ارمنستان در قرن نهم میلادی، واقارشاباد، همچون دیگر مناطق ‏ارمنستان، بازسازی نشد زیرا روستایی بیش نبود. مقر جاثلیقی نیز قرن ها قبل از آنجا رفته بود و فقط به عنوان زیارتگاه اهمیت خود را حفظ کرده بود. گفتنی است که پس از حمله عرب ها تا قرن سیزدهم میلادی نامی از این مکان ‏در متون قدیمی برده نشده است.‏

در تحـولاتی که طی سده هفتـم تا سیزدهـم میلادی به وقـوع پیوست رهبـری کلیسای ارمنستان دائماً مجبور به جابه جایی بود. سرانجام، در ۱۲۹۳م در شهر سیس(۷۱)،‏ پایتخت پادشاهی ارمنی کیلیکیه، مستقر شد. پس از ‏سقوط این پادشاهی در ۱۳۷۵م، به دست مملوک های مصر، موقعیت رهبری کلیسای ارمنستان به خطر افتاد. دلیل آن دوری از ‏موطن اصلی و فشارهای پاپ، رهبر کلیسای کاتولیک(۷۲) و مشکلاتی بود که مملوک ها برای کلیسا به وجود می آوردند. بنابراین، مراکز مذهبی واقع در ارمنستان تصمیم گرفتند رهبری کلیسا را از ‏سیس به جایگاه اولیه آن، یعنی واقارشاباد منتقل سازند اما این کار به سادگی  امکان پذیر نبود. اجرای چنین تصمیمی نیاز به موقعیت مناسب داشت. به خصوص اینکه مرکز مذهبی در کیلیکیه با این تصمیم مخالفت می کرد.‏

ایـن موقعـیت مناسب سرانـجام در دوران حکـومت جهانشاه قـره قویونلو (۱۴۳۷ـ ۱۴۶۷م) فراهم آمد. وی‏ قلمرو خود را به چندین بخش تقسیم کرد. در دشت آرارات و ‏مناطق هم جوار آن یک بخش اداری با نام چخورسعد تشکیل شد. واقارشاباد نیز در این بخش قرار گرفت. حاکم ‏آن یعقوب بیگ تعیین شد. جانشین وی و حاکم شهر ایروان فردی ارمنی به نام اوربِل وسکانیان بود. با کمک اوربل وسکانیان و پس از برگزاری جلسات متعدد، سرانجام در ۱۴۴۱م جاثلیق جدید در ارمنستان انتخاب و رهبری کل کلیسای ارمنستان بار دیگر در واقارشاباد مستقر ‏شد(۷۳) که تا به امروز نیز در این شهر قرار دارد.‏

واقارشاباد، که روستایی بیش نبود، همچون بسیاری از مناطق دیگر به خانی محلی به نام سعیدبیگ تعلق داشت. ‏کلیسای اجمیادزین در همسایگی واقارشاباد واقع شده بود. جاثلیق موفق شد روستا را از خان خریداری کند. سند این معامله را ‏زمان الدین قاضی، حاکم خانات چخورسعد، در ۱۴۵۴م تأیید کرد.‏(۷۴)

از ۱۵۰۲م، به مدت ۲۲۰ سال ایران صفوی و عثمانی در جنگ بودند. در این بین، واقارشاباد بارها دست به دست، غارت و ویران شد. در ۱۵۵۴م، تقسیمات اداری جدیدی در منطقه صورت گرفت. در دشت آرارات ‏و مناطق هم جوار به مرکزیت شهر ایروان خانات ایروان(۷۵) تشکیل شد. اولین خان آن نیز محمدخان معروف به تخماخ خان ‏بود. واقارشاباد نیز در این خانات قرار گرفت.‏

پس از قرن ها، روستای واقارشاباد در حال گسترش بود که در ۱۶۰۴م ضربه ای مهلک به آن وارد شد. زمانی ‏که شاه عباس اول ارمنیان دشت آرارات را به مناطق داخلی ایران کوچ داد واقارشاباد نیز از سکنه خالی شد(۷۶) چنان که سال ها کلیساهای نیمه ویران آن به حال خود رها شد و جاثلیق به علت ناامنی به دیرهای مناطق هم جوار ‏نقل مکان کرد. یک سال پیش از این واقعه، گئورگ تکتاندر فون دِر یابل(۷۷)، ‏ سفیر امپراتوری روم، که همراه سپاه شاه ‏عباس بود، با کسب اجازه به دیر اجمیادزین رفته بود. او در خاطرات خود شرح کاملی از شکوه کلیسای اجمیادزین و مهمان نوازی ‏جاثلیق را آورده است.(۷۸)

پس از کوچاندن سکنه، شاه عباس دستور داد تا دیر اجمیادزین را تخریب و آن را به اصفهان منتقل کنند. اگرچه این ‏کار به مرحله عمل در نیامد سبب تخریب بخش هایی از کلیسا شد.(۷۹) آراکل داوریژتسی(۱۵۹۰ـ ۱۶۷۰م)،‏ مورخ ارمنی قرن هفدهم میلادی، که شاهد ‏وقایع این دوره بوده، نه فقط شرح کامل کوچ ارمنیان بلکه وضعیت کلیسای جامع اجمیادزین و دیگر زیارتگاه های ‏واقارشاباد را در کتاب خود آورده است.‏

در ۱۶۰۵م، خان ایروان، امیرگونا خان، برای بازگرداندن ارمنیان به خانات ایروان، که خالی از سکنه شده ‏بود، ارمنیان قارص، ارزروم، وان و نخجوان را به این خانات کوچ داد اما ازساکنان جدید کمتر ‏کسانی در روستای واقارشاباد سکونت گزیدند. پسر امیر گوناخان، پس از رسیدن به حکومت، جاثلیق را ‏مجبور کرد تا درآمد حاصل از اعانه های زائران و مالیات جمع آوری شده از روستای هم جوار را به او تحویل دهد. ‏این وضعیت سرانجام در ۱۶۵۰م با شکایت جاثلیق و به دستور شاه عباس دوم خاتمه یافت.(۸۰) چنین وضعیتی ‏در دوره های بعد نیز تکرار شد. به همین دلیل، هرچند وقت یکبار جاثلیق مجبور به بردن شکایت به دربار می شد.‏

یک سال پس از کوچ ساکنان دشت آرارات، تعـدادی از خـانواده های روستای واقارشاباد موفق شدند به خانه ‏های نیمه ویران خود باز گردند. در این دوره، وضعیت اقتصادی دیر اجمیادزین نامناسب بود چنان که قادر به مرمت ‏ویرانی ها نبودند. به ناچار، سقف ویران کلیسای جامع را با چوب پوشاندند. ‏در ۱۶۳۶م، سربازان عثمانی پس از ورود به دشت آرارات، کلیسای جامع و خانه های اطراف را سوزاندند. به این ترتیب، واقارشاباد باردیگر از سکنه خالی شد.‏

قرن هفدهم میلادی هم زمان با سفر تجار اروپایی همراه با مبلغان مذهبی، مانند برادران شرلی به ایران بود. ‏برخی از این مبلغان در مناطق مختلف ارمنستان نیز اقامت کرده بودند و به تبلیغ مذهب خود می پرداختند. به ‏نوشته آراکل داوریژتسی چند سال پس از کوچ ساکنان واقارشاباد، گروهی از این مبلغان مذهبی از وضعیت نابسامان رهبری ‏کلیسای ارمنیان استفاده کردند و دست به غارت آرامگاه هریپسیمه مقدس زدند. ‏هدف آنان بردن استخوان های آن قدیس به اروپا بود. با اینکه تعدادی از روحانیان و روستاییان از این عمل ناشایست جلوگیری کردند آنان موفق شدند تعدادی از استخوان ها را به اصفهان ببرند. خوشبختانه، تجار ارمنی جلفای اصفهان توانستند آنها را بازپس بگیرند(۸۱)

در دوران پادشاهی شاه عباس دوم و شاه سلیمان اول، ثبات نسبی در منطقه برقرار شد. خانه های ‏اطراف دیر دوباره بازسازی شد. جاثلیق موسِس داتِواتسی(۱۶۲۹ ـ ۱۶۳۲م)‏ و دو جانشین بعدی، با کمک های مالی بازرگانان ‏ارمنی،کلیساهای جامع اجمیادزین و هریپسیمه مقدس را مرمت و دو کلیسای متعلق به راهبه های دیگر را، که به طور کامل ویران ‏شده بود، بازسازی کردند. کلیه بناهای دیر را معماری به نام گریگور مرمت کرده است. نام او بر روی طاقی(۸۲) ‏به ‏نام دروازه تیرداد در ضلع شرقی کلیسای اجمیادزین به تاریخ ۱۶۳۹م ذکر شده است.‏(۸۳)

به دلیل قرار داشتن سه کلیسای اجمیادزین، گایانه و شوغاگات در نزدیکی یکدیگر در دوره صفویه واقارشاباد را اوچ کلیسا می نامیدند. در اسناد دولتی ایران نیز، واقارشاباد با همین نام معرفی شده است. در تصویری که از این مکان در ‏پایان قرن هفدهم میلادی ترسیم شده است، دیر اجمیادزین در دامنه کوه آرارات در بین خانه های روستایی قرار دارد. ‏دو کلیسای شوغاگات و گایانه نیز با فاصله از کلیسای اجمیادزین در میان حصارهای جداگانه جای گرفته اند. مصطفی حاجی ‏خلیفه، معروف به کاتب چلبی، نیز در کتاب جهان نما ی خود،(۸۴) به سال ۱۶۵۷م، از دیر اجمیادزین با نام « اوچ کلیسا »یاد کرده ‏است.‏

کلیـسای گایانه مقـدس، که در۶۳۰م بنا شده بود طـی سال ها آسیب دیده و سقف آن به طور کامـل فرو ریخـته بود. این کلیسا را در سده هفدهـم میلادی مرمـت کردند و بازسازی آن در ۱۶۵۲م ‏خاتمـه یافت. سی سال بعـد، در ۱۶۸۲م، حـصاری به دور آن کشیده شد. جاثلیـق یغیازار آینتاپتسی(۱۶۸۱ ـ ۱۶۹۱م)(۸۵) در کتیبه ای که ‏به مناسبت بنای دیوار اطراف کلیسا و صحن آن در کلیسای گایانه مقدس به جا گذاشته به وضعیت ‏نیمه متروک کلیساها و روستای واقارشاباد نیز اشاره کرده است. در گورستان این کلیسا شماری از جاثلیق ها و افراد ‏سرشناس شامل محققان، نویسندگان و … به خاک سپرده شده اند که در واقارشاباد و دیر اجمیادزین زندگی و فعالیت کرده اند.

در مکان فعلی کلیسای شوغاگات مقدس، نمازخانه ای ویران قرار داشت. در ۱۶۹۴م، ساخت کلیسای ‏جدید در این مکان خاتمه یافت. صحن واقع در غرب کلیسا در ۱۸۰۷م فرو ریخت و اکنون، اثری از آن وجود ندارد.‏

تا نیمه دوم قرن هفدهم میلادی، دیر اجمیادزین تنها مکانی مذهبی و مقر جاثلیق بود اما به همت جاثلیق ‏پیلیپوس آغباکتسی(۱۶۳۳ـ ۱۶۵۵م)(۸۶) مرکز علمی واقع در دیر هوهاناوانک(۸۷) به دیر اجمیادزین منتقل شد. در این مرکز علمی ‏جدید، استادانی چون ‏وسکان یروانتسی(۸۸) ، سیمون جوقایتسی(۸۹) ، استپانوس لهاتسی(۹۰)‏ و بسیاری دیگر به تدریس مشغول شدند(۹۱)

در ۱۶۷۲م، ژان شـاردن(۹۲)، جهانـگرد فرانسوی، که در راه اصفـهان از ارمنـستان می گذشت، از اجمـیادزین نیز دیدن کرد. او در کتاب خـود تصویری از کلیـسا و محـوطه دیر اجـمیادزین را به تصویر کشیده، که بسیار کوچک تر از محوطه امروزی آن است و در ‏چهار طرف دیوارهای آن، حجره های راهبان قرار دارد.(۹۳)

در زمان جاثلیق هاکوپ جوقایتسی(۹۴)، دیر اجمیادزین بازسازی شد. او برای تأمین آب باغ های واقع در شمال ‏دیر، آب انباری از دوره اورارتو را در روستای آیگشات(۹۵) بازسازی و برای انتقال آب نیز نهری احداث کرد. این ‏نهر آب مورد نیاز روستا را نیز تأمین می ساخت.‏

گورستان دیر اجمیادزین از گورستان روستاییان واقارشاباد مجزا است و در سمت جنوبی دیر، قرار دارد. بررسی ‏کتیبه های سنگ قبرها مشخص ساخت که بیش از ۳۵۰ سنگ قبر از قرن هفدهم میلادی در آنجا وجود دارد که ‏بیشتر آنها متعلق به روحانیان و مابقی متعلق به خدمه دیر است. این آمار حکایت از آن دارد که دیر در آن قرن یک مرکز دینی ‏فعال بوده است.‏(۹۶)

در دوره های مختلف، از کل منطقه نقشه های جغرافیایی تهیه شده است. در این نقشه ها، موقعیت ارمنستان را نیز ‏مشخص(۹۷) و نام شهرهای مهم فلات ارمنستان را ذکر کرده اند اما از سده هفدهم میلادی به بعد نام واقارشاباد ‏براساس دیری که در آن قرار گرفته به صورت اجمیادزین ذکر شده است. در نقشه های موجود به زبان های ارمنی، انگلیسی، روسی، ایتالیایی و عربی از واقارشاباد در دو جا به صورت اوچ کلیسا، دو جا به صورت اکییازین و در مابقی نقشه ها به صورت اجمیادزین نام برده اند.(۹۸)

قدیمی ترین نقشه ای که در آن دیر اجمیادزین نشان داده شده متعلق به ۱۶۹۱م است. این نقشه را ‏یرمیا چلبی کومورجیان(۱۶۳۷ـ ۱۶۹۵م)(۹۹) ، که در ترکیه او را با نام حاجی خلیفه کاتب چلبی می شناسند، در استانبول و به درخواست کنت لودویک مارسیلی(۱۰۰) به زبان ارمنی ترسیم کرده است. در حال حاضر، این نقشه در دانشگاه بولونیا(۱۰۱) نگهداری می شود. در این نقشه، که ‏از دریای مازندران تا دریای اژه را نشان می دهد، کلیه شهرهای ارمنی نشین و کلیساهای ارمنیان با ذکر جزئیات در آن مشخص ‏شده است. در بخش مربوط به دیر اجمیادزین، در کنار تصویر کلیسای جامع، تصویر جاثلیق به همراه چند روحانی نشان داده شده که در حال ‏پذیرایی از مهمانی هستند.(۱۰۲)

در دوران حکومت نادرشاه افشار نیز، جنگ های ایران و عثمانی همچنان ادامه داشت. وی پس از پیروزی بر سپاه عثمانی در ۱۷۳۵م، ‏زمانی که در ارمنستان به سرمی برد، برای دیدار جاثلیق آبراهام کِرتاتسی(۱۰۳) به واقارشاباد رفت. او برای مرمت کلیسای ‏اجمیادزین، که بر اثر جنگ آسیب دیده بود، مبلغی در اختیار جاثلیق گذاشت.‏

واقـارشاباد در قـرن هجدهـم میلادی همچـنان روستا بود. خانـه های روستاییـان در اطراف کلیسای اجـمیادزین قرار ‏داشت و این موضـوع مانع گسترش امـکانات دیر مـی شد. بنابراین، در زمـان جاثلیـق سیمون یروانتسی(۱۷۶۳ـ۱۷۸۰م)(۱۰۴) خانه های ‏اطراف کلیسا را تخریب کردند(۱۰۵) و محوطه ای وسیع به وجود آوردند. اطراف محوطه را نیز با دیواری خشتی محصور کردند. اهالی روستا هم با کمک ‏های مالی ای که جاثلیق در اختیار آنان گذاشته بود خانه های جدید خود را به فاصله ۲۵۰ متر دورتر از دیوارهای دیر، در ‏شمال آن، ساختند. جاثلیق همچنین در ۱۷۶۷م کلیسایی در روستای جدید با نام کلیسای مریم مقدس بنا ‏کرد.(۱۰۶)

درباره احداث کلیسای مریم مقدس و حصارکشی اطـراف کلیـسای جـدیـد کـتیبـه ای در دیـوار شرقـی کلیـسای مـریـم مقـدس نصـب شـده است.‏(۱۰۷) این کلیسا سه ورودی دارد.(۱۰۸) در دو ‏سمـت هر ورودی، خاچکارهایی در مجموع شش عدد متعـلق به سـده های پانزدهـم و شانزدهـم میـلادی نصب شده است. بر روی تعـدادی از آنـها، نام استاد ‏سنـگ تراش را نیـز ذکر کرده اند.(۱۰۹) جالب اینکه خاچکارهای انتخاب شده همگی به یک ارتفاع، ‏‏۱۳۴سانتی متر و با پهنای نزدیک به یکدیگرند. در بین آنها، خاچکاری نیز اثر ملیک ست(۱۱۰)، سنگ تراش معـروف قـرن ‏شانزدهـم به تاریـخ ۱۵۹۱م وجود دارد.(۱۱۱) متأسفانه، از مکان اولیه خاچکارها اطلاعی در دست نیست.‏

هرچند اکنون واقارشاباد به شهر تبدیل شده و با ساخت بنا های جدید دیگر از آن روستا اثری باقی ‏نمانده است عامه مردم همچنان کلیسای مریم مقدس را با نام «کلیسای روستا» می شناسند. گفتنی است‏کومیتاس،‏ آهنگ ساز، رهبر ارکستر، نوازنده و بزرگ مرد موسیقی ارمنی، در ۲۶ فوریه ۱۸۹۵م در این کلیسا به فرمان جاثلیق به مقام وارتاپدی رسید.‏(۱۱۲)

با آغاز عملیات ساختمانی در محوطه جدید دیر بقایای ساختمان های متعلق به قرن چهارم میلادی، شامل ‏سنگ های مرمر خوش تراش و سنگ های کف بناها، آشکار شد.‏(۱۱۳) به همـت جاثلیق سیمـون یروانتسی ساخـتمانی جـدید برای راهبـان، اقامتـگاهی برای جـاثلیـق و یـک ساخـتمـان بـرای چاپخـانه بنـا شد. ‏در ۱۷۷۱م، اولیـن چاپخانه ارمنستان در دیر اجمیادزین شروع به کار کرد.همچنین، برای تأمین کاغذ اولین ‏کارگاه کاغذسازی نیز در ۱۷۷۶م احداث شد.‏

زمانـی که ارتـش روسیه در نیمه اول قرن نوزدهـم میلادی ارمنستان را به تصرف درآورد اقدام به تهیه نقشه ‏واقارشاباد کرد. در این نقشه، باقی مانده دیوار شرقی شهر به طول هزار متر به صورت تپه ای خاکی، موقعیت کلیساها، ‏دیر اجمیادزین و مکان قرار گرفتن روستایی که جاثلیق سیمون یروانتسی در شمال دیر بنا کرده بود مشخص شده است. اسقف هوانس شاخاتونیانتس نیز در خاطرات خود در ۱۸۴۰م از دیوار و باقی مانده دروازه شرقی یاد کرده است.‏

هرچند واقارشاباد قرن ها مرکز دینی ارمنیان کل جهان بوده است اما شمار کلیساهایی که در آن بنا شده کمتر از کلیساهای ایروان پیش از زلزله مهیب ۱۶۷۹م، است.(۱۱۴) شاید، علت آن باشد که مقر ‏جاثلیقی ده قرن خارج از این مکان قرار داشت.‏

در دوران حکومت کریم خان زند، هرج و مرج شمال غرب ایران را فرا گرفته بود و خان های منطقه هریک حکومتی مستقل ‏به وجود آورده بودند. هراکل پادشاه گرجستان از این فرصت استفاده و به خانات ایروان حمله کرد. او قلعه ایروان را چهار ماه به محاصره درآورد. در این مدت، سپاهیان گرجی روستا و دیر اجمیادزین را غارت و بسیاری از ‏اهالی روستا به ناچار به بایزید و قارص کوچیدند.‏(۱۱۵)

در چهار دوره پایانی تسلط ایران بر این شهر، از دوره صفویه تا اوایل دوره قاجار، واقارشاباد همیشه ‏مقر جاثلیق بود ومسلمانان از سکونت در این مکان پرهیز می کردند. روستا و زمین های اطراف نیز براساس فرمان دربار به دیر تعلق داشت و امور این منطقه را جاثلیق اداره می کرد. با وجود این، خان های ایروان همیشه سعی می کردند تا آن را تحت ‏سلطه خود درآورند. این خواسته گاه با مقاومت جاثلیق روبه رو می شد. یکی از این حاکمان ‏محمدقلی خان بود که جاثلیق پیلیپوس آغباکتسی توانسته بود او را از دخالت در امور داخلی دیر و روستای هم جوار منع کند. خان نیز به تلافی، پس از درگذشت جاثلیق در ۱۶۵۵م، اجازه دفن او را در دیر اجمیادزین نداد و به ناچار او را در کلیسای ‏هریپسیمه به خاک سپردند. به غیر از خان ایروان، عوامل او نیز دائم به مردم روستا و روحانیان دیر ستم می کردند.‏(۱۱۶) کتاب زندگی هاروطون آراراتیان اهل واقارشاباد، که در پایان قرن هجدهم میلادی نگاشته شده، با جزئیات این موضوع را شرح داده است.‏(۱۱۷)

هرچند هدف این مقاله پرداختن به تاریخچه شهر واقارشاباد است و بحث درباره تاریخ و هنر کلیساهای این شهر مقاله را به درازا می کشد لازم می دانیم از خانواده هوناتانیان(۱۱۸) یاد کنیم. آنان نه تنها در ‏ارمنستان بلکه در کل منطقه هنرمندانی معروف بودند. هوناتانیان ها در ۱۷۱۰ و ۱۷۸۰م دیوارهای داخلی کلیسای اجمیادزین را با ‏موضوعاتی از کتاب مقدس نقاشی کرده اند. در مرمت هایی که اکنون بر روی دیوارهای داخلی کلیسا صورت می گیرد، قسمت هایی از این آثار یافت شده و در حال بازسازی است.‏

با آغاز جنگ های ایران و روس از ابتدای قرن نوزدهم میلادی، که ۲۸ سال به درازا کشید، خانات ایروان صحنه اصلی ‏درگیری ها شد. از آنجایی که دیر اجمیادزین دارای دیوار دفاعی بود هر دو طرف از آن به جای قلعه استفاده کردند. این کار سبب وارد آمدن ‏لطمات سنگین به دیر و به ویژه، روستای واقارشاباد شد.‏

پس از آنکه گرجستان تحت حمایت روسیه قرار گرفت و لشکرکشی تنبیهی آغامحمد خان قاجار به ‏تفلیس پایان یافت، در ۱۸۰۴م اولین حمله ارتش روسیه به خانات ایروان به فرماندهی ژنرال پاول دمترییویچ سیسیانوف(۱۱۹) گرجی تبار آغاز شد. محمدخان، حاکم ایروان، که برای مقابله با سپاه روس در دیر اجمیادزین موضع گرفته بود، از ترس ‏ملحق شدن ارمنیان روستای واقارشاباد به سپاه روسیه آنان را مجبور به تخلیه روستا و کوچ به سمت مرز عثمانی ‏کرد.(۱۲۰) پس از پایان جنگ، هرچند روستا ویران شده بود گروهی کوچک از اهالی به خانه های خود باز گشتند. اما مابقی ‏روستاییان به تفلیس مهاجرت کردند و در محله هاولابار(۱۲۱) ساکن شدند و در آنجا، کلیسایی با نام اجمیادزین مقدس ‏بنا کردند که تا به امروز نیز پابرجاست.‏

در حمله سیسیانوف به خانات ایروان، ارتش روسیه بدون هیچ مقاومتی تا نزدیک واقارشاباد پیشروی کرد اما در ‏آنجا با سپاه ایران درگیر شد(۱۲۲) پس از سه روز جنگ بی نتیجه، سیسیانوف دیر را رها و به سمت قلعه ایروان ‏حرکت کرد. این اولین تجربه استفاده از دیر اجمیادزین به جای قلعه دفاعی بود. سیسیانوف، که از محاصره قلعه ‏ایروان نیز نتیجه ای نگرفته بود، به سمت گرجستان عقب نشست. سر راه، دیر اجمیادزین را، که سپاه ایران آن را ترک ‏گفته بود، به بهانه همکاری ارمنیان با سپاه ایران غارت کرد.(۱۲۳)

عباس میرزا، ولیعهد ایران، که متوجه عواقب نارضایتی مردم منطقه از حاکمان محلی شده بود، خان ایروان را برکنار ساخت. ابتدا، مهدی قلی خان و سپس، محمد خان مراغه ای را در مقام حاکم خانات ایروان منصوب کرد. حاکم جدید ایروان برای جلب ‏حمایت اهالی ارمنی خانات، با هدف جبران خسارت های وارد شده به دیر اجمیادزین، کمک مالی در اختیار جاثلیق قرار داد.‏

چندی بعد، یکی از فرزندان فتحعلی شاه با نام محمد علی میرزا دولتشاه برای تلافی حمله روسیه، به تفلیس حمله ‏کرد و با سپاه روس درگیر شد اما در نهایت مجبور به عقب نشینی شد. او در زمان بازگشت دست به غارت تعدادی از روستاهای خانات ‏ایروان از جمله روستای واقارشاباد زد.‏(۱۲۴)

در ۱۸۰۷م، به دستور فتحعلی شاه قاجار یکی از خویشاوندانش به نام حسین قلی خان قاجار، که حاکم قزوین بود، خان ‏ایروان شد. او نیز برادرش، حسن خان قاجار، را که فردی ظالم و مال پرست بود، دستیار خود ساخت. ‏ستم بر مردم منطقه از سر گرفته شد و موقعیت را برای لشکرکشی روسیه مهیا کرد.‏

در ۱۸۰۵م، روسیه بار دیگر عملیات نظامی را در منطقه آغاز کرد و در ۱۸۰۸م، ارتش روسیه به فرماندهی ‏ایوان گودویچ(۱۲۵)از دو جناح شکی ـ شیروان ـ مغان و خانات ایروان دست به حمله زد. در جناح شکی، به پیروزی رسید ‏و در ۱۸۱۳م، عهدنامه گلستان منعقد شد اما پس از سه ماه محاصره قلعه ایروان سپاه روسیه مجبور به عقب نشینی شد. ‏هنگام عقب نشینی، سربازان روس دست به غارت دیر اجمیادزین زدند.‏

در این نبردها، سرهارفورد جونز، نماینده حاکم انگلستان در هند، در سپاه ولیعهد عباس میرزا، بود. او از قلعه ایروان ‏و اوچ کلیسا بازدید و با جاثلیق ملاقات کرد. وی در کتاب خاطرات خود درباره مهمان نوازی جاثلیق و نارضایتی اش از حمله سپاه روس به خانات ایروان و غارت دیر، مطالبی نوشته است.(۱۲۶)

در آوریل ۱۸۱۴م، آلکسی پترویچ یرمولف(۱۲۷)،‏ نماینده تزار روسیه، برای مذاکره با ایران راهی تهران شد. او که ‏در مسیر سفر از دیر اجمیادزین نیز دیدار کرد، در خاطرات خود روستای کنار دیر اجمیادزین را نیمه ویران و ‏وضعیت خود دیر را بد توصیف کرده است.‏

در ۱۸۲۶م، جنگ بار دیگرآغاز شد. به دستور خان ایروان اهالی روستاهای واقع در سمت چپ رود ارس، از ‏جمله روستای واقارشاباد، مجبور شدند به آن سوی رود ارس کوچ کنند. پس از پایان جنگ، اسقف نرسس آشتارکتسی(۱۲۸) در ‏یکی از نامه های خود نوشته که همه روستاهای دشت آرارات خالی از سکنه هستند.‏(۱۲۹)

در جنگی که میان سپاه ایران به فرماندهی ولیعهد، عباس میرزا و سپاه روس به فرماندهی ژنرال پاسکویچ(۱۳۰) درگرفت، سپاه ایران شکست ‏خورد و در ۳ اکتبر۱۸۲۷م قلعه ایروان به دست ارتش روسیه افتاد. سپس، سپاه روسیه به مناطق جنوبی رود ارس هجوم آورد ‏و در نتیجه، پیمان ترکمنچای منعقد شد. براساس این پیمان خانات ایروان تحت سلطه امپراتوری روسیه درآمد.‏

در بحبوحه جنگ، سپاه روس هنگام پیشروی به سمت قلعه ایروان دیر اجمیادزین را به تصرف ‏درآورد اما بعد سپاه حسین خان دیر را محاصره کرد.(۱۳۱) پاسکویچ برای نجات محاصره شدگان نیروی کمکی فرستاد. عباس میرزا و سپاهیان روس در شمال روستای واقارشاباد روبه رو شدند و جنگی خونین درگرفت. در ۱۸۳۳م، روسیه به یادبود سربازان کشته شده در این جنگ بنای یادبودی در محـل نبـرد بنا کرد. بنابر کتیـبه این بنای یادبود در ‏این جنگ ۱٬۱۳۱ سرباز روس کشته شده اند. پس از آنکه روس ها روستـا و دیر ‏اجمیـادزین را تحت تسلط خـود درآوردند، آنجـا را تبدیل به بیمارستانی برای سربازان روس کردند.‏

امپراتوری روسیه در نظر داشت روستاهای خانات ایروان و نخجـوان را، که بر اثر جنـگ های طولانی ‏ویـران و خـالی از سکنـه شده بودند، بار دیگر مسکونی سازد. همچنین، به دنبال آن بود که با متروکه کردن آذربایجان ایران به اقتصاد این منطقه لطمه بزند. روس ها برای تحقق این دو هدف از وضعیت نامناسبی که خان های آذربایجان ایران برای ساکنان ارمنی منطقه به وجود آورده بودند بهره بردند. آنان به تبلیغ وضعیت مناسب زندگی برای ارمنیان در شمال رود ارس پرداختند و تا ۱۸۳۰م، با استفاده از مواد ذکر شده در عهدنامه ترکمنچای، امکان مهاجرت بیش از ۴۵هزار ارمنی(۱۳۲) ساکن آذربایجان ایران را به شمال رود ارس فراهم آوردند. آراکِل گریگور باباخانیان، معروف به لئو، مورخ قرن نوزدهم میلادی، بر این باور است که بسیاری از ارمنیان روستاهای آذربایجان به زور ارتش ‏روسیه تن به مهاجرت دادند و طبق برنامه ریزی روسیه قرار بود ۶۵٬۰۰۰ نفر به شمال رود ارس مهاجرت ‏کنند که با مداخله عباس میرزا و ارسال نامه اعتراضی به پاسکویچ۲۰٬۰۰۰نفر در روستاهای منطقه باقی ماندند.‏‏(۱۳۳)

مهاجران در روستاها و شهرهای مختلف دشت آرارات و تعدادی از آنان نیز در ‏روستای واقارشاباد ساکن شدند، که آمار دقیقی از شمار آنها در دسترس نیست. روسیه به غیر از آنکه ارمنیان را وادار به مهاجرت کرد، حدود ۸۰٬۰۰۰ روس را، که به ‏فرقه مالاکان معروف بودند، روانه مناطق مختلف جنوب قفقاز کرد اما آنان به علت اعتقادات مذهبی شان در روستای واقارشاباد ‏ساکن نشدند.‏

عباس میرزا، که از عواقب زیان بار این مهاجرت بزرگ مطلع بود، برای انصراف ارمنیان بسیار کوشید. حتی، تعدادی از دیرهای آنان، از جمله قره کلیسا و استپانوس مقدس را مرمت کرد و برای ‏انتقال مرکز دینی ارمنیان از دیر اجمیادزین به قره کلیسا اقداماتی صورت داد. با درگذشت عباس میرزا تلاش های وی نیمه تمام باقی ماند.(۱۳۴)

پروفسور فردریخ بارود، استاد دانشگاه دوربات (تارتو)(۱۳۵) استونی، چند سال پس از خاتمه جنگ به منطقه ‏سفر کرد. او در کتابش به نام از دوربات تا آرارات شرحی کامل از روستا و دیر هم جوارش را آورده است. در زمان بازدید وی از ‏دیر اجمیادزین، پانصد خانوار در روستای واقارشاباد زندگی می کردند. روستا در آن زمان ۱۲۰ متر از دیر فاصله و هجده تا بیست هکتار مساحت داشته است. با در نظر گرفتن اینکه ساکنان قبلی روستا به علت جنگ از آنجا کوچ کرده بودند به ‏احتمال قوی ساکنان روستا ارمنیان مهاجر از ایران بوده اند. در نیمه قرن نوزدهم میلادی جهانگردان اروپایی، مانند فردریک دوبوا دمومپره(۱۷۹۸ـ۱۸۵۰م)(۱۳۶) ‏و اوژن بوره (۱۸۰۹ـ ۱۸۷۸م)(۱۳۷) ، به منطقه سفر کردند اما در خاطرات خود فقط از دیر اجمیادزین سخن گفته اند.‏

پس از آنکه آرامش به منطقه بازگشت، زندگی عادی ازسر گرفته شد و تعداد زائرانی که به زیارت کلیساهای واقارشاباد می آمدند افزایشی چشمگیر یافت. این موضوع سبب رونق اقتصادی واقارشاباد شد و جمعیت آن افزایش یافت چنان که در فاصله دیوارهای دیر و روستا خانه ها و ‏مغازه های بسیار بنا شد.‏

در ۱۸۷۱م، دانشکده علوم الهی گئورگیان در دیر ‏اجمیادزین تأسیس شد. این دانشکده اولین مرکز آموزش عالی مدرن در ارمنستان است. در ۱۸۷۹م نیز، خوابگاهی برای دانشجویان ساخته شد. دانشکده با همه مشکلاتی که در دوران حکومت شوروی برای آن ‏به وجود آوردند بدون وقفه تا به امروز به فعالیت خود ادامه می دهد.

همچنین، در قرن نوزدهم میلادی کتابخانه ‏کتاب های دست نویس، موزه و بیمارستان نیز در داخل دیوارهای دیر تأسیس شد. ‏در جنوب دیر نیز، دریاچه ای مصنوعی و در اطراف آن، جنگلی ایجاد کردند اما پناهندگانی که در ۱۹۱۵م به این شهر آمده بودند برای رهایی از سرمای زمستان همه درخت های آن را بریدند و سوزاندند. وجود امکانات آموزشی و علمی ‏در دیر اجمیادزین باعث گردآمدن طالبان علم از مناطق دور و نزدیک و فعالیت استادان مختلف در این دیر شد که ‏تأثیری مستقیم بر کیفیت روستای واقارشاباد گذاشت.‏

با شروع کشتار ارمنیان ارمنستان غربی در ۱۸۹۵م به دست دولت عثمانی، سیل پناهندگان به ارمنستان ‏سرازیر شد.(۱۳۸) به علت وجود تعداد بسیاری کودک یتیم در بین پناهندگان یتیم خانه ای در محوطه دیر تأسیس کردند.‏

از اوایل قرن بیستم میلادی، توجه باستان شناسان ارمنی و روسی به واقارشاباد معطوف شد که تاریخ آن در هاله ای از ابهام ‏قرار داشت. با در نظر گرفتن وضعیت منطقه، که شامل چندین دیر و یک روستا بود، مشکل می شد ‏باور کرد که زمانی در این مکان شهر واقارشاباد قرار داشته است. در آن زمان، فرضیه های بسیاری درباره مکان اولیه شهر ارائه می ‏شد. اسقف خاچیک دادیان با آوردن دلایلی مکان شهر را در دیر زوارتنوتس واقع در سه کیلومتری شهر ‏اجمیادزین امروزی می دانست و در آنجا، دست به کاوش های باستان شناختی زده بود.(۱۳۹) در نهایت،کاوش های باستان شناختی در ‏اطراف دیر اجمیادزین اندک اندک موقعیت شهر واقارشاباد مشخص شد.(۱۴۰)

لینچ(۱۴۱)، جهانگرد انگلیسی، در ۱۹۰۱م به ارمنستان و گرجستان سفر و مدتی کوتاه در دیر ‏اجمیادزین اقامت کرد. او در کتاب خود از واقارشاباد با عنوان روستایی با کوچه های تنگ و خاکی یاد کرده است که در ‏مجاورت دیر آن مغازه های جدید با کالاهای اروپایی قرار داشت.(۱۴۲)

در پایان قرن نوزدهم و ابتدای قرن بیستم میلادی، با افزایش جـمعیت و به راه افـتادن صنایع کوچک، واقارشاباد دیگـر ‏حالـت روستایی نداشت و اندک اندک شکل شهر به خود می گرفت.‏

در اوایل قرن بیستم میلادی، وارتاپد کومیتاس تمرینات گروه کر خود را در ساختمان دانشکده گئورگیان انجام می داد. سپـس، کنـسرت های معـروف خـود را در ایـروان و استانبـول برگزار کرد.‏

با آغاز جنگ جهانی اول، واقارشاباد تبدیل به ستاد عملیاتی داوطلبان ارمنی برای اعزام به جنگ با عثمانی ‏شد.

مجروحان جنگی را نیز در بیمارستانی مداوا می کردند که ارتش روسیه در آنجا ساخته بود. ‏با شروع کشتار ارمنیان به دست دولت عثمانی در ۱۹۱۵م، سیل پناهندگان به سمت ارمنستان شرقی سرازیر شد. ‏ اولین ایستگاه پناهندگان پس از ورود به ارمنستان شرقی دیر اجمیادزین بود. سپس، به سمت مناطق دیگر ارمنستان و ‏گرجستان حرکت می کردند.‏

ماردیروس ساریان، از نقاشان معروف ارمنستان، شاهد این وقایع در واقارشاباد بود. او در خاطرات خود می ‏نویسد که تمامی ساختمان های دیر اجمیادزین تبدیل به محل استقرار پناهندگان شده بود اما تعداد آنان آن قدر زیاد بود که ‏خیابان ها مملو از زنان و کودکانی شده بود که جایی برای اقامت نداشتند.پناهندگان، به ویژه کودکان خردسال، که شاهد ‏کشته شدن خویشاوندان خود بودند با وضعیت روحی بسیار بد، نیمه برهنه، بیمار و گرسنه گروه گروه به امید یافتن ‏پناهگاهی وارد واقارشاباد می شدند اما امکانات بسیار محدود بود. بسیاری از آنان از سرما، گرسنگی و بیماری جان می ‏باختند. مسئولان مجبور بودند هر روز تعداد بسیاری جسد از محوطه دیر و سطح کوچه های واقارشاباد جمع آوری کنند ‏و آنها را برای دفن به خارج از شهر ببرند.(۱۴۳) تعدادی از روشنفکران ارمنی ساکن تفلیس برای کمک به ‏پناهندگان به اجمیادزین آمده بودند و برای نجات آنان تلاش می کردند. در میان آنان، نویسنده معروف، هوهانس تومانیان، نیز حضور داشت. او از هیچ ‏تلاشی برای کمک به پناهندگان دریغ نمی کرد تا حدی که کودکان یتیم به او لقب پدر همه ارمنی ها(۱۴۴) را داده بودند.‏

با شروع انقلاب روسیه در۱۹۱۷م سپاهیان روس نیز شروع به بازگشت به کشور خود کردند. در شب ۷ مارس ‏گروهی از سربازان روس، که به دیر پناه آورده بودند، کلیساها و خانه های اهالی روستا را غارت کردند و مغازه ها را آتش زدند. در نهایت، با مداخله نیروهای داوطلب ارمنی سربازان روس از شهر خارج شدند.‏

به دلیل استقرار ستاد فرماندهی ارتش ارمنستان در جنگ با ترکیه در ۱۹۱۸م در واقارشاباد، همچنین پس از ‏استقلال ارمنستان، این شهر اهمیتی خاص یافت اما با اشغال ارمنستان به دست ارتش سرخ روسیه شوروی در ‏‏۱۹۲۱م و مخالفت بلشویک ها با دین، واقارشاباد با مشکلات و محرومیت هایی جدید مواجه شد. هرچند آلکساندر ‏تامانیان، معمار و طراح ایروان نوین، در ۱۹۲۵م، به درخواست دولت، طرحی برای بازسازی شهر تهیه کرد اما این طرح هیچ گاه به اجرا در نیامد و طی چندین دهه هیچ  ‏اقدامی برای گسترش امکانات و پیشرفت شهر صورت نگرفت. سرانجام، در دهه ۵۰ قرن بیستم با تغییر سیاست ها ساختن بناهای جدید و بازسازی دیراجمیادزین آغاز شد و جمعیت شهر رو به افزایش گذاشت. در ۱۲مارس ‏‏۱۹۴۵م، واقارشاباد به طور رسمی به اجمیادزین تغییر نام داد.‏

در دهه ۵۰ قرن بیستم میلادی، تعدادی کارخانه در اطراف شهر تأسیس کردند. در دهه ۷۰، بنای ‏مجتمع های چهار، پنج طبقه و ایجاد محله های جدید و ساخت خیابان های عریض آغاز شد. همچنین در آن ساختمان های ‏اداری، موزه و مرکز فرهنگی ساختند و واقارشاباد اندک اندک چهره شهر به خود گرفت.‏

پس از پایان جنگ جهانی دوم، گروه بزرگی از ارمنیان روستانشین مناطق مرکزی ایران ‏ به ارمنستان مهاجرت ‏کردند. این کوچ بزرگ ترین مهاجرت ارمنیان از ایران پس از مهاجرت ارمنیان آذربایجان به دنبال عقد معاهده ترکمنچای بود. بیشتر ‏مهاجران در شهرهای اجمیادزین، ماسیس و آبوویان ساکن شدند. روند مهاجرت این ارمنیان در دهه ‏های ۷۰ و ۸۰ قرن بیستم میلادی نیز ادامه یافت. گروه بزرگی از آنان در اجمیادزین ساکن و سبب افزایش ‏جمعیت شهر شدند. جالب اینکه مهاجران دهه های ۷۰ و ۸۰ با حفظ خاطرات خود از ایران هنوز زبان فارسی ‏را فراموش نکرده اند.‏

مجـموعه ای بسیار ‏جـالب از خاچـکارهای قـرن نهم تا نوزدهـم میـلادی در محـوطه دیـر اجمیادزین وجود دارد.‏ نخستین بار، جاثلیق وازگن اول(۱۴۵) به جمع آوری خاچکارهای منحصر به فرد از مناطق مختلف ‏ارمنستان و جلفای نخـجوان دست زد. این کار در زمان جاثلیق کنونی حوزه دینی اجمیادزین، گارگین نرسیسیان(۱۴۶)، نیز ادامه یافته است.

پس از استقلال دوباره ارمنستان در سپتامبر ۱۹۹۱م، محدودیت تردد ارمنیان جهان به ارمنستان ‏برچیده شد. در نتیجه، شهر اجمیادزین،در مقام مرکز دینی کل ارمنیان جهان، اهمیت بیشتری یافت. از آنجایی که ‏اجمیادزین نام دیر داخل شهر است بنابر تصمیم دولت در ۱۹۹۶م نام شهر به واقارشاباد تغییر داده شد ‏اما اهالی همچنان شهر را اجمیادزین می نامند و کمتر کسی از نام واقارشاباد استفاده می کند. از ۲۰۰۷م، ‏واقارشاباد عضو سازمان بین المللی میراث شهرهای باستانی(۱۴۷) وابسته به سازمان یونسکو شده است.‏

پـس از فـروپاشی شـوروی و آغـاز جنـگ در جنوب قفقاز، کارخانه های اجمیادزین ‏تعطیل و ساکـنان شهر با مشکلات متعـدد معیشتی روبه رو شدند. این موضـوع سبب شد تا گروهی از اهالی به خـارج از کـشور مهاجـرت کنند. در نتیجـه، شهر با کاهش جمعیت مواجه شد.‏ در انتخابات اخیر، خانم دیانا گاسپاریان شهردار واقارشاباد شد. در تاریخ معاصر ارمنستان، او نخستین زنی ‏است که به این سمت برگزیده شده است.‏